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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
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Fecha : |
04/10/2014 |
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Actualizado : |
06/06/2023 |
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Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
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Autor : |
UMAÑA, R.; PRITSCH, C.; ARBIZA, J.R.; RIVAS, F.; PAGLIANO, G. |
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Afiliación : |
CARLOS FERNANDO RIVAS GRELA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay. |
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Título : |
Evaluation of four viroid rna extraction methods for the molecular diagnosis of cevd in citrus lemon using rt-pcr, dot blot and northern blot. [Evaluación de cuatro métodos de extracción de ARN viroide para el diagnóstico molecular de CEVd en Citrus limon mediante RT-PCR, Dot blot y Northern blot.]. |
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Fecha de publicación : |
2013 |
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Fuente / Imprenta : |
Biotecnologia Aplicada, 2013, v.30, no.2, p.125-130. |
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Descripción física : |
2-s2.0-84884171392 |
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Serie : |
1027-2852 |
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ISSN : |
1027-2852 |
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Idioma : |
Inglés |
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Contenido : |
ABSTRACT.
An efficient method for RNA extraction that leads to RNA high yield and purity is a technical issue relevant for development and optimization of molecular diagnostic methods aimed to detect viroid infections in citrus varieties. Residual contaminants may affect RNA detection depending on the molecular diagnosis approaches. This condition can be evaluated through RNA absorption spectrum analysis. Functionally, it is assessed through observation of RTPCR amplification products and Northern blot and Dot-blot signal intensities, displaying levels of analytical response/ sensitivity. Four RNA extraction methods were evaluated to determine their effects on the capacity to detect viroid CEVd presence/absence in Citrus limon through four molecular diagnostic approaches: 1) conventional viroid extraction (CVE); 2) phenol/guanidine thiocyanate (PGT), 3) SDS/potassium acetate (SPA); and 4) formaldehyde/ SSC (FS). Phloem tissue quantifications showed values between 7500 ng/μL and 1200 ng/μL and ranged 1.3-2.0 OD260/280. Evaluations through RT-PCR showed the expected amplifications of the entire CEVd genome, but erratic scenarios still remained. Non-radioactive probe hybridization techniques revealed high intensity signals (132 RU) for infected tissue, by using the CVE method, and a positivity cut-off for the presence of infection was established (78 RU). Nevertheless, molecular hybridization tools can jeopardize the diagnosis due to the thoroughness of the protocol and the RNA template conditions. The diagnostic ability of the association of Northern blot with CVE viroid extraction
analyses as starting point was evidenced for successful detection, among the molecular methods tested.
RESUMEN.Evaluación de cuatro métodos de extracción de ARN viroide para el diagnóstico molecular de CEVd en Citrus limon mediante RT-PCR, Dot blot y Northern blot. En el desarrollo de metodologías moleculares diagnósticas en variedades cítricas propensas a infección viroide, se precisa la extracción efi ciente de ARN, siguiendo criterios de concentración y pureza. Los contaminantes remanentes pueden afectar la detección según la herramienta molecular escogida. Esta condición se analiza a partir del espectro de absorción del ARN; mediante la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR) y por los niveles de intensidad de las señales de Northern blot y Dot blot, en términos de respuesta analítica/sensibilidad. Se evaluaron cuatro métodos de extracción de ARN, por sus
efectos sobre la detección de presencia/ausencia del Citrus Exocortis Viroid (CEVd) en Citrus limon mediante análisis moleculares diagnósticos: 1) extracción viroide convencional (EVC); 2) fenol/tiocianato de guanidina (FTG); 3) SDS/ acetato de potasio (SAP); y 4) formaldehído/SSC (FS). Los valores del tejido de fl oema estuvieron entre 7500 ng/μL y 1200 ng/μL y los rangos entre 1.3 y 2.0 DO260/280. La evaluación por aproximaciones de la RT-PCR reflejó las amplifi caciones esperadas del genoma completo del CEVd; sin embargo, aún se discuten los escenarios erráticos.
Las hibridaciones no radiactivas revelaron señales de alta intensidad (132 UR) para el tejido infectado, según el método de EVC, y la defi nición del límite de positividad para la presencia de infección (78 UR). Las herramientas basadas en hibridaciones moleculares interfi eren en el diagnóstico, por la rigurosidad del protocolo y las condiciones del ARN molde. La extracción viroide como punto de partida de una detección exitosa y los métodos moleculares ensayados, mostraron las posibilidades diagnósticas de la asociación de Northern blot con la EVC. MenosABSTRACT.
An efficient method for RNA extraction that leads to RNA high yield and purity is a technical issue relevant for development and optimization of molecular diagnostic methods aimed to detect viroid infections in citrus varieties. Residual contaminants may affect RNA detection depending on the molecular diagnosis approaches. This condition can be evaluated through RNA absorption spectrum analysis. Functionally, it is assessed through observation of RTPCR amplification products and Northern blot and Dot-blot signal intensities, displaying levels of analytical response/ sensitivity. Four RNA extraction methods were evaluated to determine their effects on the capacity to detect viroid CEVd presence/absence in Citrus limon through four molecular diagnostic approaches: 1) conventional viroid extraction (CVE); 2) phenol/guanidine thiocyanate (PGT), 3) SDS/potassium acetate (SPA); and 4) formaldehyde/ SSC (FS). Phloem tissue quantifications showed values between 7500 ng/μL and 1200 ng/μL and ranged 1.3-2.0 OD260/280. Evaluations through RT-PCR showed the expected amplifications of the entire CEVd genome, but erratic scenarios still remained. Non-radioactive probe hybridization techniques revealed high intensity signals (132 RU) for infected tissue, by using the CVE method, and a positivity cut-off for the presence of infection was established (78 RU). Nevertheless, molecular hybridization tools c... Presentar Todo |
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Palabras claves : |
CEVd. |
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Thesagro : |
CITRUS; DETECCIÓN DE VIROIDES DE CITRUS; DIAGNOSTICO; ENFERMEDADES DE LOS CITRUS; TECNICAS; VIROSIS. |
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Asunto categoría : |
--
H20 Enfermedades de las plantas |
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URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/3438/1/Rivas-F.-2013.-Biotec.Aplicada-v.302-p.125-130.pdf
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/3439/1/Rivas-F.-2013.-Biotec.Aplicada-v.302-p.131-136.pdf
http://www.medigraphic.com/pdfs/biotecapl/ba-2013/ba132g.pdf
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| 141. |  | BESIL, N.; PÉREZ-PARADA, A.; CESIO, V.; VARELA, P.; RIVAS, F.; HEINZEN, H. Degradation of imazalil, orthophenylphenol and pyrimethanil in Clementine mandarins under conventional postharvest industrial conditions at 4 °C. Food Chemistry, 2016, v.194, p. 1132-1137. Article history: Received 16 April 2015 / Received in revised form 25 August 2015 / Accepted 25 August 2015 / Available online 29 August 2015.
Chemical compounds studied in this article: Imazalil (PubChem CID: 37175) / Orthophenylphenol...| Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : Internacional - -- |
| Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
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| 142. | | AMORÓS, M. E.; BUENAHORA, J.; ROSSINI, C. Desarrollo de potenciales atrayentes de Diaphorina citri para la optimización del monitoreo con trampas amarillas. [o9*]. Bloque 3: Manejo de insectos-plaga, malezas y enfermedades. In: Sociedad Uruguaya de Fitopatología Jornada Uruguaya de Fitopatología, 4., Jornada Uruguaya de Protección Vegetal, 2., 1° setiembre, 2017, Montevideo, Uruguay. Libro de resúmenes. Montevideo (UY): Sociedad Uruguay de Fitopatología (SUFIT), 2017. p. 47. [o9*]: *Trabajo ya presentado.
Financiamiento: Agencia Nacional de Investigación e Innovación y Programa Nacional de Investigación en Producción Citrícola, INIA Salto Grande.| Tipo: Abstracts/Resúmenes |
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| 143. | | SIMEONE, M.; GÓMEZ, C.; BERTALMIO, A.; RUIZ, E.; HAUTEVILLE, C.; GODOY, L.; TITO, B.; GARCÍA, M.L. Detection of citrus psorosis virus by RT‐qPCR validated by diagnostic parameters. Plant Pathology, May 2021, Volume 70, Issue 4, Pages 980-986. Doi: https://doi.org/10.1111/ppa.13341 Article history: Received, 8 September 2020; Accepted, 28 December 2020, First published, 18 January 2021.
This work was supported by Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica (ANPCYT) PICT 2014‐1007 and PICT Start UP...| Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : Internacional - -- |
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| 145. | | BUENAHORA, J.; INOUE, K. Control químico del minador de cítricos. In: INIA Las Brujas; Universidad de la República (UdelaR)-Facultad de Agronomía; MGAP-Plan Citrícola. Minador de las hojas de los cítricos: Phyllocnistis citrella Stainton. Avances de investigación 1997-1999. Canelones (UY): INIA Las Brujas, 1999. p. 5 (Serie Actividades de Difusión ; 212)| Biblioteca(s): INIA La Estanzuela; INIA Las Brujas. |
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| 152. | | PEREZ, E.; LOMBARDO, P.; UMPIÉRREZ, N.; MINTEGUIAGA, M.; ALVES, P.; BLANCO, O.; GUIMARAENS, A.; RODRÍGUEZ, F.; PARDO, H.; DELLACASSA, E. Fungicidas botánicos. Aceites esenciales de plantas nativas que controlan enfermedades de poscosecha de los cítricos. Revista INIA Uruguay, 2015, No.40, p.52-56. (Revista INIA; 40)| Tipo: Artículos en Revistas Agropecuarias |
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| 159. | | OTERO, A.; GOÑI, C.; JIFON, J.L.; SYVERTSEN, J.P. High temperature effects on citrus orange leaf gas exchange, flowering, fruit quality and yield. (Conference paper). Acta Horticulturae, 2011, no.903, p.1069-1074. (Acta Horticulturae; 903). ISHS Acta Horticulturae 903: IX International Symposium on Integrating Canopy, Rootstock and Environmental Physiology in Orchard Systems. Editor: T.L. Robinson.
Publication date: 1 August 2011| Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : B - 2 |
| Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
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