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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas; INIA Tacuarembó; INIA Treinta y Tres. |
Fecha : |
14/07/2015 |
Actualizado : |
30/10/2019 |
Tipo de producción científica : |
Revista INIA |
Autor : |
INIA (INSTITUTO NACIONAL DE INVESTIGACIÓN AGROPECUARIA) |
Título : |
Revista INIA Uruguay. (No.17, Marzo 2009). |
Fecha de publicación : |
2009 |
Fuente / Imprenta : |
Montevideo (Uruguay): INIA, 2009. |
Páginas : |
88 p. |
Serie : |
(Revista INIA; 17) |
ISSN : |
1510-9011 |
Idioma : |
Español |
Thesagro : |
ARROZ; BIOTECNOLOGIA; BOVINOS DE CARNE; CAMBIO CLIMATICO; CIENCIA; CITRUS; CLIMA; CLIMATOLOGIA; COMUNICACION; CONTROL DE ENFERMEDADES; CULTIVOS DE GRANO; CULTIVOS DE SECANO; ENTOMOLOGIA; ESPECIES FORRAJERAS; EUCALYPTUS; EXPLOTACION AGRICOLA FAMILIAR; FITOPATOLOGÍA; FORESTALES; FORRAJES; FRUTALES; FRUTICULTURA; GANADO BOVINO; GRANOS; GRAS; HORTALIZAS; HORTICULTURA; INIA; INNOVACION; INVESTIGACIÓN; LECHERÍA; LEGUMINOSAS FORRAJERAS; MANEJO DE CULTIVOS; MEJORAMIENTO ANIMAL; METEOROLOGIA; MICROBIOLOGÍA; OVINOS; PASTURAS; PRODUCCIÓN ANIMAL; PRODUCCION DE LANA; PRODUCCION DE LECHE; PRODUCCION LECHERA; REVISTA INIA 2009; SEMILLAS; SOJA; SUELOS; SUINOS; SUSTENTABILIDAD AMBIENTAL; TECNOLOGÍA; TRANSFERENCIA DE TECNOLOGIA; VARIEDADES; VITICULTURA. |
Asunto categoría : |
A50 Investigación agraria |
URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/4826/1/revista-INIA-17.pdf
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Marc : |
LEADER 01903nam a2200745 a 4500 001 1053062 005 2019-10-30 008 2009 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a1510-9011 100 1 $aINIA (INSTITUTO NACIONAL DE INVESTIGACIÓN AGROPECUARIA) 245 $aRevista INIA Uruguay. (No.17, Marzo 2009). 260 $aMontevideo (Uruguay): INIA$c2009 300 $a88 p. 490 $a(Revista INIA; 17) 650 $aARROZ 650 $aBIOTECNOLOGIA 650 $aBOVINOS DE CARNE 650 $aCAMBIO CLIMATICO 650 $aCIENCIA 650 $aCITRUS 650 $aCLIMA 650 $aCLIMATOLOGIA 650 $aCOMUNICACION 650 $aCONTROL DE ENFERMEDADES 650 $aCULTIVOS DE GRANO 650 $aCULTIVOS DE SECANO 650 $aENTOMOLOGIA 650 $aESPECIES FORRAJERAS 650 $aEUCALYPTUS 650 $aEXPLOTACION AGRICOLA FAMILIAR 650 $aFITOPATOLOGÍA 650 $aFORESTALES 650 $aFORRAJES 650 $aFRUTALES 650 $aFRUTICULTURA 650 $aGANADO BOVINO 650 $aGRANOS 650 $aGRAS 650 $aHORTALIZAS 650 $aHORTICULTURA 650 $aINIA 650 $aINNOVACION 650 $aINVESTIGACIÓN 650 $aLECHERÍA 650 $aLEGUMINOSAS FORRAJERAS 650 $aMANEJO DE CULTIVOS 650 $aMEJORAMIENTO ANIMAL 650 $aMETEOROLOGIA 650 $aMICROBIOLOGÍA 650 $aOVINOS 650 $aPASTURAS 650 $aPRODUCCIÓN ANIMAL 650 $aPRODUCCION DE LANA 650 $aPRODUCCION DE LECHE 650 $aPRODUCCION LECHERA 650 $aREVISTA INIA 2009 650 $aSEMILLAS 650 $aSOJA 650 $aSUELOS 650 $aSUINOS 650 $aSUSTENTABILIDAD AMBIENTAL 650 $aTECNOLOGÍA 650 $aTRANSFERENCIA DE TECNOLOGIA 650 $aVARIEDADES 650 $aVITICULTURA
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Registro original : |
INIA Las Brujas (LB) |
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Biblioteca
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Origen
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Tipo / Formato
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Clasificación
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Cutter
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Registro
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Volumen
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Estado
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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
Fecha actual : |
04/10/2014 |
Actualizado : |
06/06/2023 |
Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
Circulación / Nivel : |
B - 5 |
Autor : |
UMAÑA, R.; PRITSCH, C.; ARBIZA, J.R.; RIVAS, F.; PAGLIANO, G. |
Afiliación : |
CARLOS FERNANDO RIVAS GRELA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay. |
Título : |
Evaluation of four viroid rna extraction methods for the molecular diagnosis of cevd in citrus lemon using rt-pcr, dot blot and northern blot. [Evaluación de cuatro métodos de extracción de ARN viroide para el diagnóstico molecular de CEVd en Citrus limon mediante RT-PCR, Dot blot y Northern blot.]. |
Fecha de publicación : |
2013 |
Fuente / Imprenta : |
Biotecnologia Aplicada, 2013, v.30, no.2, p.125-130. |
Descripción física : |
2-s2.0-84884171392 |
Serie : |
1027-2852 |
ISSN : |
1027-2852 |
Idioma : |
Inglés |
Contenido : |
ABSTRACT.
An efficient method for RNA extraction that leads to RNA high yield and purity is a technical issue relevant for development and optimization of molecular diagnostic methods aimed to detect viroid infections in citrus varieties. Residual contaminants may affect RNA detection depending on the molecular diagnosis approaches. This condition can be evaluated through RNA absorption spectrum analysis. Functionally, it is assessed through observation of RTPCR amplification products and Northern blot and Dot-blot signal intensities, displaying levels of analytical response/ sensitivity. Four RNA extraction methods were evaluated to determine their effects on the capacity to detect viroid CEVd presence/absence in Citrus limon through four molecular diagnostic approaches: 1) conventional viroid extraction (CVE); 2) phenol/guanidine thiocyanate (PGT), 3) SDS/potassium acetate (SPA); and 4) formaldehyde/ SSC (FS). Phloem tissue quantifications showed values between 7500 ng/μL and 1200 ng/μL and ranged 1.3-2.0 OD260/280. Evaluations through RT-PCR showed the expected amplifications of the entire CEVd genome, but erratic scenarios still remained. Non-radioactive probe hybridization techniques revealed high intensity signals (132 RU) for infected tissue, by using the CVE method, and a positivity cut-off for the presence of infection was established (78 RU). Nevertheless, molecular hybridization tools can jeopardize the diagnosis due to the thoroughness of the protocol and the RNA template conditions. The diagnostic ability of the association of Northern blot with CVE viroid extraction
analyses as starting point was evidenced for successful detection, among the molecular methods tested.
RESUMEN.Evaluación de cuatro métodos de extracción de ARN viroide para el diagnóstico molecular de CEVd en Citrus limon mediante RT-PCR, Dot blot y Northern blot. En el desarrollo de metodologías moleculares diagnósticas en variedades cítricas propensas a infección viroide, se precisa la extracción efi ciente de ARN, siguiendo criterios de concentración y pureza. Los contaminantes remanentes pueden afectar la detección según la herramienta molecular escogida. Esta condición se analiza a partir del espectro de absorción del ARN; mediante la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR) y por los niveles de intensidad de las señales de Northern blot y Dot blot, en términos de respuesta analítica/sensibilidad. Se evaluaron cuatro métodos de extracción de ARN, por sus
efectos sobre la detección de presencia/ausencia del Citrus Exocortis Viroid (CEVd) en Citrus limon mediante análisis moleculares diagnósticos: 1) extracción viroide convencional (EVC); 2) fenol/tiocianato de guanidina (FTG); 3) SDS/ acetato de potasio (SAP); y 4) formaldehído/SSC (FS). Los valores del tejido de fl oema estuvieron entre 7500 ng/μL y 1200 ng/μL y los rangos entre 1.3 y 2.0 DO260/280. La evaluación por aproximaciones de la RT-PCR reflejó las amplifi caciones esperadas del genoma completo del CEVd; sin embargo, aún se discuten los escenarios erráticos.
Las hibridaciones no radiactivas revelaron señales de alta intensidad (132 UR) para el tejido infectado, según el método de EVC, y la defi nición del límite de positividad para la presencia de infección (78 UR). Las herramientas basadas en hibridaciones moleculares interfi eren en el diagnóstico, por la rigurosidad del protocolo y las condiciones del ARN molde. La extracción viroide como punto de partida de una detección exitosa y los métodos moleculares ensayados, mostraron las posibilidades diagnósticas de la asociación de Northern blot con la EVC. MenosABSTRACT.
An efficient method for RNA extraction that leads to RNA high yield and purity is a technical issue relevant for development and optimization of molecular diagnostic methods aimed to detect viroid infections in citrus varieties. Residual contaminants may affect RNA detection depending on the molecular diagnosis approaches. This condition can be evaluated through RNA absorption spectrum analysis. Functionally, it is assessed through observation of RTPCR amplification products and Northern blot and Dot-blot signal intensities, displaying levels of analytical response/ sensitivity. Four RNA extraction methods were evaluated to determine their effects on the capacity to detect viroid CEVd presence/absence in Citrus limon through four molecular diagnostic approaches: 1) conventional viroid extraction (CVE); 2) phenol/guanidine thiocyanate (PGT), 3) SDS/potassium acetate (SPA); and 4) formaldehyde/ SSC (FS). Phloem tissue quantifications showed values between 7500 ng/μL and 1200 ng/μL and ranged 1.3-2.0 OD260/280. Evaluations through RT-PCR showed the expected amplifications of the entire CEVd genome, but erratic scenarios still remained. Non-radioactive probe hybridization techniques revealed high intensity signals (132 RU) for infected tissue, by using the CVE method, and a positivity cut-off for the presence of infection was established (78 RU). Nevertheless, molecular hybridization tools can jeopardize the diagnosis due to the thoroughness of the protocol ... Presentar Todo |
Palabras claves : |
CEVd. |
Thesagro : |
CITRUS; DETECCIÓN DE VIROIDES DE CITRUS; DIAGNOSTICO; ENFERMEDADES DE LOS CITRUS; TECNICAS; VIROSIS. |
Asunto categoría : |
-- H20 Enfermedades de las plantas |
URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/3438/1/Rivas-F.-2013.-Biotec.Aplicada-v.302-p.125-130.pdf
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/3439/1/Rivas-F.-2013.-Biotec.Aplicada-v.302-p.131-136.pdf
http://www.medigraphic.com/pdfs/biotecapl/ba-2013/ba132g.pdf
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Marc : |
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