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| Registros recuperados : 41 | |
| 22. |  | JAURENA, M.; SALVO, L.; TERRA, J.A.; AYALA, W.; BARRIOS, E.; LEZAMA, F. Cambios en el largo plazo de características de suelo y vegetación de mejoramientos de campo natural. ln: Reunión del Grupo Técnico en Forrajeras del Cono Sur, Grupo Campos, 22, 2008, Minas, Uruguay Ayala, W.; Lezama, F.; Barrios, E.; Bemhaja, M.; Saravia, H.; Formoso, D.; Boggiano, P., ed. Bioma campos : Innovando para mantener su sustentabilidad y competitividad. Memorias. Minas (Uruguay): Grupo Campos, 2008.| Biblioteca(s): INIA Treinta y Tres. |
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| 23. | | PARUELO, J.M.; PIÑEIRO, G.; BALDI, G.; BAEZA, S.; LEZAMA, F.; ALTESOR, A.; OESTERHELD, M. Carbon stocks and fluxes in rangelands of the Río de la plata basin. Rangeland Ecology & Management, 2010, v. 63, no. 1 p. 94-108. 63 Article history: Manuscript received 17 March 2008; manuscript accepted 3 April 2009.| Biblioteca(s): INIA Treinta y Tres. |
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| 24. | | JAURENA, M.; DE BARBIERI, I.; LEZAMA, F.; AYALA, W.; MONTOSSI, F.; RIVAS, M. Atributos de pasturas naturales sobre suelos superficiales de Basalto con cargas contrastantes de capones ln: Reunión del grupo técnico en forrajeras del Cono Sur, 22., 2008, Minas, Uruguay Bioma campos: innovando para mantener su sustentabilidad y competitividad. Memorias. Minas (Uruguay): INIA; FAO; PROCISUR, 2008. p. 199 Versión impresa y en CD ROM Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria, Uruguay; FAO; PROCISUR| Biblioteca(s): INIA Las Brujas; INIA Tacuarembó; INIA Treinta y Tres. |
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| 25. | | ALTESOR, A.; PIÑEIRO, G.; LEZAMA, F.; JACKSON, R.B; SARASOLA, M.; PARUELO, J. Ecosystem changes associated with grazing in subhumid South American grasslands. Journal of Vegetation Science, June 2006, Volume 17, Issue 3, Pages 323-332. Doi: https://doi.org/10.1111/j.1654-1103.2006.tb02452.x Article history: Received 20 September 2005; Accepted 16 January 2006; Issue Online 24 February 2006; Version of Record online 24 February 2006.| Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
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| 27. | | JAURENA, M.; LEZAMA, F.; SALVO, L.; CARDOZO, G.; AYALA, W.; TERRA, J.A.; NABINGER, C. The dilemma of improving native grasslands by overseeding legumes: production intensification or diversity conservation. Rangeland Ecology & Management, 2016, v. 69, no. 1 p. 35-42. Article history: Received 25 November 2014; Accepted 23 September 2015.| Biblioteca(s): INIA Tacuarembó; INIA Treinta y Tres. |
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| 28. | | Lezama, F.; Baeza, S.; Altesor, A.; Paruelo, J.; Piñeiro, G.; León, R. Distribución espacial de las comunidades de pastizal en la región basáltica (Uruguay) ln: Reunión del Grupo Técnico Regional del Cono Sur en Mejoramiento y Utilización de los Recursos Forrajeros del Area Tropical y Subtropical, Grupo Campos, 20., 2004, Salto, UY Saldanha, S.; Bemhaja, M.; Moliterno, E.; Olmos, F.; Uriarte, G., ed. Sustentabilidad, desarrollo y conservación de los ecosistemas : memorias. Salto: UdelaR. Regional Norte, 2004. p. 241-242| Biblioteca(s): INIA La Estanzuela. |
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| 30. | | PARUELO, J.; AYALA, W.; TOMMASINO, A.; MESA, D.; DOMINGUEZ, M.; BAS, R.; LEZAMA, F. El pastoreo es más que comer pasto. La simulación del pisoteo del ganado. Pasturas. Revista INIA Uruguay, Diciembre 2021, no.67, p.38-40. (Revista INIA; 67).| Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
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| 31. | | CARDOZO, G.; AYALA, W.; LEZAMA, F.; REYNO, R.; CUADRO, R.; MICHELINI, D.; JAURENA, M.; LATTANZI, F. Limited response to phosphorus fertilization in native South American grasslands across a productivity gradient despite low phosphorus concentrations in grassland herbage. Plant and Soil. 2024. https://doi.org/10.1007/s11104-024-06562-5 Article history: Received 10 October 2023; Accepted 14 February 2024; Published 26 February 2024. -- Responsible Editor: N. Jim Barrow. --
Correspondence: G.A. Cardozo, Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Estación...| Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
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| 32. | | Jaurena, M.; Salvo, L.; Terra, J.; Ayala, W.; Bermúdez, R.; Barrios, E.; Lezama, F. Microcuencas apareadas en Tacuarembó: contribución de raíces de comunidades de campo natural pastoreado y sombreado con Pinus taeda ln: Reunión del grupo técnico en forrajeras del Cono Sur, 22., 2008, Minas, Uruguay Bioma campos: innovando para mantener su sustentabilidad y competitividad. Memorias. Minas (Uruguay): INIA; FAO; PROCISUR, 2008. p. 188 Versión impresa y en CD ROM Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria, Uruguay; FAO; PROCISUR| Biblioteca(s): INIA Las Brujas; INIA Tacuarembó. |
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| 34. | | TOMMASINO, A.; LEZAMA, F.; GALLEGO, F.; CAMBA SANS, G.; PARUELO, J. Rangeland resilience to droughts: Changes across an intensification gradient. Applied Vegetation Science. Special Issue: Grazzing and Vegetation. 2023, Vol.26, Issue2, e12722. https://doi.org/10.1111/avsc.12722 Article history: Received 28 October 2022, Revised 3 March 2023, Accepted 7 March 2023, First published 17 March 2023. -- Correspondence author: Andrea Tommasino, Instituto de Ecología y Ciencias Ambientales, Facultad de Ciencias,...| Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
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| 36. | | JAURENA, M.; OLMOS, F.; BEMHAJA, M.; BERRETTA, E.J.; LEZAMA, F.; PEREZ GOMAR, E.; ZERBINO, M.; CONDON, F.; BLUMETTO, O.; CASTAÑO, J.; ROCANOVA, M. Campo natural en Uruguay: biodiversidad y manejo para la sustentabilidad. Suplemento Tecnológico INIA, 2008, p. 42-43. Suplemento tecnológico Expo Prado 2008.| Biblioteca(s): INIA Treinta y Tres. |
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| 37. | | JAURENA, M.; OLMOS, F.; BEMHAJA, M.; BERRETTA, E.; LEZAMA, F.; PEREZ GOMAR, E.; ZERBINO, M.; CONDON, F.; BLUMETTO, O.; CASTAÑO, J.; ROCANOVA, M. Campo natural en Uruguay: biodiversidad y manejo para la sustentabilidad. Suplemento Tecnológico INIA, 2008, p. 42-43. Suplemento tecnológico Expo Prado 2008.| Biblioteca(s): INIA Tacuarembó. |
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| 38. | | JAURENA, M.; DE BARBIERI, I.; MONTOSSI, F.; LEZAMA, F.; PEREZ GOMAR, E.; DIAZ, S.; SOSA, M.; CACERES, J.; ROVIRA, F.; ALBERNAZ, F.; SANCRISTOBAL, E.; LIMA, G. Evaluación de diferentes ofertas de forraje de campo natural sobre la producción y calidad de lanas finas y superfinas y en indicadores de sustentabilidad de suelos y de la comulnidad vegetal. Día de campo, INIA Tacuarembó, Unidad Experimental Glencoe, Setiembre, 2008. Alternativas de intensificación, especialización, diversificación y valorización de la ganadería ovina y bovina en basalto. Tacuarembó (Uruguay): INIA, 2008. p. 8-10| Biblioteca(s): INIA Tacuarembó. |
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| 39. | | ALTESOR, A.; GALLEGO, F.; FERRÓN, M; PEZZANI, F.; LÓPEZ-MÁRSICO, L.; LEZAMA,F.; BAEZA, S.; PEREIRA, M.; COSTA, B.; PARUELO, J. An inductive approach to build State-and-Transition Models for Uruguayan grasslands. Rangeland Ecology and Management, November 2019, Volume 72, Issue 6, Pages 1005-1016. Doi: https://doi.org/10.1016/j.rama.2019.06.004 Article history: Received 19 October 2018// Revised 7 June 2019// Accepted 24 June 2019// Available online 8 August 2019.-Correspondence: E-mail address: aaltesor@fcien.edu.uy (A. Altesor).This work was supported by Instituto Nacional de...| Biblioteca(s): INIA La Estanzuela. |
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| 40. | | REUNIÓN DEL GRUPO TÉCNICO EN FORRAJERAS DEL CONO SUR, GRUPO CAMPOS, 22, 2008, MINAS, URUGUAY AYALA, W.; LEZAMA, F.; BARRIOS, E.; BEMHAJA, M.; SARAVIA, H.; FORMOSO, D.; BOGGIANO, P., ED. Bioma Campos: innovando para mantener su sustentabilidad y competitividad. Memorias Minas (Uruguay): Grupo Campos, 2008. 276 p Contiene CD con ampliación de trabajos presente en Memorias Versión impresa y en CD ROM| Biblioteca(s): INIA La Estanzuela; INIA Las Brujas; INIA Tacuarembó; INIA Treinta y Tres. |
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| Registros recuperados : 41 | |
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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA La Estanzuela. |
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Fecha actual : |
22/10/2021 |
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Actualizado : |
22/10/2021 |
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Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
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Circulación / Nivel : |
Internacional - -- |
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Autor : |
TORO OSPINA, A.M.; AGUILAR, I.; VARGAS DE OLIVEIRA, M.H.; CRUZ DOS SANTOS CORREIA, L. E.; VERCESI FILHO, A. E.; ALBUQUERQUE, L.G.; JOSINEUDSON AUGUSTO II DE VASCONCELOS SILVA |
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Afiliación : |
ALEJANDRA MARIA TORO OSPINA, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - Unesp, CEP 14.884-900, Jaboticabal, São Paulo, Brasil.; IGNACIO AGUILAR GARCIA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; MATHEUS HENRIQUE VARGAS DE OLIVEIRA, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - Unesp, CEP 14.884-900, Jaboticabal, São Paulo, Brasil.; LUIZ EDUARDO CRUZ DOS SANTOS CORREIA, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - Unesp, CEP 14.884-900, Jaboticabal, São Paulo, Brasil.; ANIBAL EUGÊNIO VERCESI FILHO, Instituto de Zootecnia, CEP 13.460-000, Nova Odessa, São Paulo, Brasil.; LUCIA GALVÃO ALBUQUERQUE; VASCONCELOS SILVA, J., Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia - Unesp, CEP 18.618-307 - Botucatu, São Paulo, Brasil. |
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Título : |
Assessing the accuracy of imputation in the Gyr breed using different SNP panels. |
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Fecha de publicación : |
2021 |
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Fuente / Imprenta : |
Genome, 2021 Oct, Volume 64 , Issue 10, pag 893-899. Open Acces. Doi: https://doi.org/10.1139/gen-2020-0081 |
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DOI : |
10.1139/gen-2020-0081 |
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Idioma : |
Inglés |
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Notas : |
Article history: Received 22 May 2020./ Accepted 17 April 2021. Corresponding author: Alejandra Maria Toro Ospina (email: toroospina92@gmail.com) |
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Contenido : |
Abstract: The aim of this study was to evaluate the accuracy of imputation in a Gyr population using two medium-density panels (Bos taurus - Bos indicus) and to test whether the inclusion of the Nellore breed increases the imputation accuracy in the Gyr population. The database consisted of 289 Gyr females from Brazil genotyped with the GGP Bovine LDv4 chip containing 30 000 SNPs and 158 Gyr females from Colombia genotyped with the GGP indicus chip containing 35 000 SNPs. A customized chip was created that contained the information of 9109 SNPs (9K) to test the imputation accuracy in Gyr populations; 604 Nellore animals with information of LD SNPs tested in the scenarios were included in the reference population. Four scenarios were tested:LD9K_30KGIR, LD9K_35INDGIR, LD9K_30KGIR_NEL, and LD9K_35INDGIR_NEL. Principal component analysis (PCA) was computed for the genomic matrix and sample-specific imputation accuracies were calculated using
Pearson?s correlation (CS) and the concordance rate (CR) for imputed genotypes. The results of PCA of the Colombian and Brazilian Gyr populations demonstrated the genomic relationship between the two populations. The CS and CR ranged from 0.88 to 0.94 and from 0.93 to 0.96, respectively. Among the scenarios tested,the highest CS (0.94) was observed for the LD9K_30KGIR scenario. The present results highlight the importance of the choice of chip for imputation in the Gyr breed. However, the variation in SNPs may reduce the imputation accuracy even when the chip of the Bos indicus subspecies is used.
Résumé : Le but de cette étude était d?évaluer la justesse de l?imputation au sein d?une population de bovins de race Gir à partir de deux puces de génotypage de densité moyenne (Bos taurus ? Bos indicus) et de déterminer si l?inclusion de la race Nellore accroissait la précision de l?imputation chez la population de Girs. La base de données comprenait 289 femelles du Brésil génotypées avec la puce GGP Bovine LDv4, laquelle compte 30 000 SNP, et 158 femelles de Colombie génotypées avec la puce GGP indicus, laquelle compte 35 000 SNP. Une puce sur
mesure totalisant 9109 SNP (9K) a été produite pour mesurer la justesse de l?imputation chez les populations de Girs. De plus, 604 bovins de race Nellore fournissant de l?information sur le LD des SNP testés ont été inclus dans la population de référence. Quatre scénarios ont été testés : LD9K_30KGIR, LD9K_35INDGIR,LD9K_30KGIR_NEL et LD9K_35INDGIR_NEL. Une analyse en composantes principales (PCA) a été réalisée à l?aide de la matrice génomique, la justesse de l?imputation pour chaque échantillon a été calculée à l?aide d?une corrélation de Pearson (CS) et le taux de concordance (CR) a été calculé pour les génotypes imputés. Les résultats de l?analyse PCA chez les populations colombiennes et brésiliennes ont démontré la relation génomique entre les deux populations. Les valeurs de CS et de CR variaient respectivement entre 0,88 et 0,94, ainsi qu?entre 0,93 et 0,96. Parmi les scénarios testés, la plus forte valeur de CS (0,94) a été obtenue
dans le scénario LD9K_30KGIR. Les résultats obtenus montrent l?importance du choix de la puce en vue de ?imputation chez les bovins de race Gir. Cependant, la variation dans les SNP peut réduire la justesse de l?imputation même lorsque la puce de la sous-espèces Bos indicus est employée. MenosAbstract: The aim of this study was to evaluate the accuracy of imputation in a Gyr population using two medium-density panels (Bos taurus - Bos indicus) and to test whether the inclusion of the Nellore breed increases the imputation accuracy in the Gyr population. The database consisted of 289 Gyr females from Brazil genotyped with the GGP Bovine LDv4 chip containing 30 000 SNPs and 158 Gyr females from Colombia genotyped with the GGP indicus chip containing 35 000 SNPs. A customized chip was created that contained the information of 9109 SNPs (9K) to test the imputation accuracy in Gyr populations; 604 Nellore animals with information of LD SNPs tested in the scenarios were included in the reference population. Four scenarios were tested:LD9K_30KGIR, LD9K_35INDGIR, LD9K_30KGIR_NEL, and LD9K_35INDGIR_NEL. Principal component analysis (PCA) was computed for the genomic matrix and sample-specific imputation accuracies were calculated using
Pearson?s correlation (CS) and the concordance rate (CR) for imputed genotypes. The results of PCA of the Colombian and Brazilian Gyr populations demonstrated the genomic relationship between the two populations. The CS and CR ranged from 0.88 to 0.94 and from 0.93 to 0.96, respectively. Among the scenarios tested,the highest CS (0.94) was observed for the LD9K_30KGIR scenario. The present results highlight the importance of the choice of chip for imputation in the Gyr breed. However, the variation in SNPs may reduce the imputation accuracy... Presentar Todo |
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Palabras claves : |
Genomic analysis; Imputation accuracy; Tropical breeds. |
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Asunto categoría : |
L10 Genética y mejoramiento animal |
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URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/16078/1/Genome-64.-p.-893899-2021.pdf
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Marc : |
LEADER 04403naa a2200253 a 4500
001 1062493
005 2021-10-22
008 2021 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1139/gen-2020-0081$2DOI
100 1 $aTORO OSPINA, A.M.
245 $aAssessing the accuracy of imputation in the Gyr breed using different SNP panels.$h[electronic resource]
260 $c2021
500 $aArticle history: Received 22 May 2020./ Accepted 17 April 2021. Corresponding author: Alejandra Maria Toro Ospina (email: toroospina92@gmail.com)
520 $aAbstract: The aim of this study was to evaluate the accuracy of imputation in a Gyr population using two medium-density panels (Bos taurus - Bos indicus) and to test whether the inclusion of the Nellore breed increases the imputation accuracy in the Gyr population. The database consisted of 289 Gyr females from Brazil genotyped with the GGP Bovine LDv4 chip containing 30 000 SNPs and 158 Gyr females from Colombia genotyped with the GGP indicus chip containing 35 000 SNPs. A customized chip was created that contained the information of 9109 SNPs (9K) to test the imputation accuracy in Gyr populations; 604 Nellore animals with information of LD SNPs tested in the scenarios were included in the reference population. Four scenarios were tested:LD9K_30KGIR, LD9K_35INDGIR, LD9K_30KGIR_NEL, and LD9K_35INDGIR_NEL. Principal component analysis (PCA) was computed for the genomic matrix and sample-specific imputation accuracies were calculated using Pearson?s correlation (CS) and the concordance rate (CR) for imputed genotypes. The results of PCA of the Colombian and Brazilian Gyr populations demonstrated the genomic relationship between the two populations. The CS and CR ranged from 0.88 to 0.94 and from 0.93 to 0.96, respectively. Among the scenarios tested,the highest CS (0.94) was observed for the LD9K_30KGIR scenario. The present results highlight the importance of the choice of chip for imputation in the Gyr breed. However, the variation in SNPs may reduce the imputation accuracy even when the chip of the Bos indicus subspecies is used. Résumé : Le but de cette étude était d?évaluer la justesse de l?imputation au sein d?une population de bovins de race Gir à partir de deux puces de génotypage de densité moyenne (Bos taurus ? Bos indicus) et de déterminer si l?inclusion de la race Nellore accroissait la précision de l?imputation chez la population de Girs. La base de données comprenait 289 femelles du Brésil génotypées avec la puce GGP Bovine LDv4, laquelle compte 30 000 SNP, et 158 femelles de Colombie génotypées avec la puce GGP indicus, laquelle compte 35 000 SNP. Une puce sur mesure totalisant 9109 SNP (9K) a été produite pour mesurer la justesse de l?imputation chez les populations de Girs. De plus, 604 bovins de race Nellore fournissant de l?information sur le LD des SNP testés ont été inclus dans la population de référence. Quatre scénarios ont été testés : LD9K_30KGIR, LD9K_35INDGIR,LD9K_30KGIR_NEL et LD9K_35INDGIR_NEL. Une analyse en composantes principales (PCA) a été réalisée à l?aide de la matrice génomique, la justesse de l?imputation pour chaque échantillon a été calculée à l?aide d?une corrélation de Pearson (CS) et le taux de concordance (CR) a été calculé pour les génotypes imputés. Les résultats de l?analyse PCA chez les populations colombiennes et brésiliennes ont démontré la relation génomique entre les deux populations. Les valeurs de CS et de CR variaient respectivement entre 0,88 et 0,94, ainsi qu?entre 0,93 et 0,96. Parmi les scénarios testés, la plus forte valeur de CS (0,94) a été obtenue dans le scénario LD9K_30KGIR. Les résultats obtenus montrent l?importance du choix de la puce en vue de ?imputation chez les bovins de race Gir. Cependant, la variation dans les SNP peut réduire la justesse de l?imputation même lorsque la puce de la sous-espèces Bos indicus est employée.
653 $aGenomic analysis
653 $aImputation accuracy
653 $aTropical breeds
700 1 $aAGUILAR, I.
700 1 $aVARGAS DE OLIVEIRA, M.H.
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INIA La Estanzuela (LE) |
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