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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA La Estanzuela. |
Fecha : |
06/12/2019 |
Actualizado : |
05/09/2022 |
Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
Autor : |
BERRO, I.; LADO, B.; NALIN, R.S.; QUINCKE, M.; GUTIÉRREZ, L. |
Afiliación : |
Dep. of Agronomy, Univ. of Wisconsin, Madison, USA.; Facultad de Agronomía, Univ. de la República, Montevideo, Uruguay.; Dep. of Agronomy, Univ. of Wisconsin, Madison, USA.; MARTIN CONRADO QUINCKE WALDEN, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; Dep. of Agronomy, Univ. of Wisconsin, Madison, USA./ Facultad de Agronomía, Univ. de la República, Montevideo, Uruguay. |
Título : |
Training population optimization for genomic selection. |
Fecha de publicación : |
2019 |
Fuente / Imprenta : |
Plant Genome, November 2019, Volume 12, Issue 3, Article number 190028. OPEN ACCESS. DOI: https://doi.org/10.3835/plantgenome2019.04.0028 |
DOI : |
10.3835/plantgenome2019.04.0028 |
Idioma : |
Inglés |
Notas : |
Article histoty: Received 1 Apr. 2019. /Accepted 23 Sept. 2019. |
Contenido : |
ABSTRACT :The effectiveness of genomic selection in breeding programs depends on the phenotypic quality and depth, the
prediction model, the number and type of molecular markers, and the size and composition of the training population (TR).
Furthermore, population structure and diversity have a key role in the composition of the optimal training sets. Our goal was
to compare strategies for optimizing the TR for specific testing populations (TE). A total of 1353 wheat (Triticum aestivum
L.) and 644 rice (Oryza sativa L.) advanced lines were evaluated for grain yield in multiple environments. Several within-TR optimization
strategies were compared to identify groups of individuals with increased predictive ability. Additionally, optimization strategies
to choose individuals from the TR with higher predictive ability for a specific TE were compared. There is a benefit in considering
both the population structure and the relationship between the TR and the TE when designing an optimal TR for genomic
selection. A weighted relationship matrix with stratified sampling is the best strategy for forward predictions of quantitative traits in
populations several generations apart. Genomic selection (GS) consists of selecting individuals from a TE on the basis of genotypic values predicted from their genome-wide molecular marker scores and a statistical model adjusted with individuals that have phenotypic and genotypic information (Meuwissen et al., 2001). The group of individuals that were phenotyped and genotyped is called the TR (Heffner et al. 2009). MenosABSTRACT :The effectiveness of genomic selection in breeding programs depends on the phenotypic quality and depth, the
prediction model, the number and type of molecular markers, and the size and composition of the training population (TR).
Furthermore, population structure and diversity have a key role in the composition of the optimal training sets. Our goal was
to compare strategies for optimizing the TR for specific testing populations (TE). A total of 1353 wheat (Triticum aestivum
L.) and 644 rice (Oryza sativa L.) advanced lines were evaluated for grain yield in multiple environments. Several within-TR optimization
strategies were compared to identify groups of individuals with increased predictive ability. Additionally, optimization strategies
to choose individuals from the TR with higher predictive ability for a specific TE were compared. There is a benefit in considering
both the population structure and the relationship between the TR and the TE when designing an optimal TR for genomic
selection. A weighted relationship matrix with stratified sampling is the best strategy for forward predictions of quantitative traits in
populations several generations apart. Genomic selection (GS) consists of selecting individuals from a TE on the basis of genotypic values predicted from their genome-wide molecular marker scores and a statistical model adjusted with individuals that have phenotypic and genotypic information (Meuwissen et al., 2001). The group of individ... Presentar Todo |
Palabras claves : |
GENOMIC SELECTION; SELECCIÓN GENÓMICA. |
Thesagro : |
TRIGO; TRITICUM AESTIVUM. |
Asunto categoría : |
F01 Cultivo |
URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/16707/1/The-Plant-Genome-2019-Berro-Training-Population-Optimization-for-Genomic-Selection.pdf
https://acsess.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.3835/plantgenome2019.04.0028
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Marc : |
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123. | | Jornada anual de cunicultura, 1º de octubre de 2011, INIA Las Brujas, Canelones, Uruguay - Blumetto, O.; Capra, G. Recomendaciones para el manejo de líneas genéticas de alto potencial en conejos para carne. Actualización 2011 Las Brujas, Canelones (Uruguay): INIA, 2011. 29 p. (INIA Serie Actividades de Difusión; 656) "INIA Las Brujas, Programa Nacional de Investigación en Producción Familiar; INIA Las Brujas, Programa Nacional de Investigación en Carne y Lana"Biblioteca(s): INIA Tacuarembó. |
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Editor: Guillaume Martin.
The Authors. Published by Elsevier Ltd. This is an open access article under the CC BY license...Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : Internacional - -- |
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127. | | JAURENA, M.; OLMOS, F.; BEMHAJA, M.; BERRETTA, E.; LEZAMA, F.; PEREZ GOMAR, E.; ZERBINO, M.; CONDON, F.; BLUMETTO, O.; CASTAÑO, J.; ROCANOVA, M. Campo natural en Uruguay: biodiversidad y manejo para la sustentabilidad. Suplemento Tecnológico INIA, 2008, p. 42-43. Suplemento tecnológico Expo Prado 2008.Tipo: Artículos en Revistas Agropecuarias |
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138. | | RUGGIA, A.; ALBIN, A.; ALBICETTE, M.M.; BENVENUTO, M.; BLUMETTO, O.; BORTAGARAY, I.; CARDOZO, G.; CASTAGNA, A.; CLARA, P.; DEL PINO, M.L.; DOGLIOTTI, S.; GARCIA, F.; GILSANZ, J.C.; LEONI, C.; MONTALDO, S.; QUINTANS, G.; SCARLATO, M.; SCARLATO, S.; SILVERA, M.; TISCORNIA, G.; AGUERRE, V. Intensificación ecológica en sistemas ganaderos del Este de Uruguay. [Abstract y Poster] SECCIÓN COMUNICACIONES CORTAS - RESÚMENES. Ambiente/diversidad In: Reunión del Grupo Técnico en Forrajeras del Cono Sur, Grupo Campos, 24, 2017, Tacuarembó, Uruguay; Ayala, W.; Boggiano, P.; Álvarez, O.; eds. Bioma campos : Retomando un camino de oportunidades para una producción ganadera sustentable. Memorias. Tacuarembó (Uruguay): Grupo Campos, 2017. [Abstract y Poster] p. 104-105Tipo: Abstracts/Resúmenes |
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139. | | DIRECCIÓN GENERAL DE COOPERACIÓN INTERNACIONAL Y DESARROLLO (COMISIÓN EUROPEA); ARAGÓN, R.; ARGUEDAS, S.; BLUMETTO, O.; BROWN, A.; CORDERO, D.; DE BUSTOS, S.; EGUINO, S.; FEDRIGO, J.; GALLO, M.; GROSFELD, J.; LEDERMAN, M.; MERLOT, L.; MIRANDA, C.; PACHECO, S.; PAINTER, L.; SGUERRA, S.; SILVA, C.; VELÁSQUEZ, B.; VENNETIER, C.; VIDES, R.; VILA, A. Larger than jaguars. Inputs for a strategic approach to biodiversity conservation in Latin America and the Caribbean : synthesis report. Luxembourg (Bruselas): Publications Office of the European Union, 2021. 190 p. This publication is a report by the European Commission's Directorate-General for International Partnerships, produced as part of the operational response of the Wildlife Crisis Window of the EU Biodiversity for Life (EU B4Life) flagship...Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
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