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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
Fecha : |
03/10/2018 |
Actualizado : |
24/02/2022 |
Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
Autor : |
LADO, B.; VÁZQUEZ, D.; QUINCKE, M.; SILVA, P.; AGUILAR, I.; GUTIÉRREZ, L. |
Afiliación : |
BETTINA LADO, Universidad de la República (UdelaR)/ Facultad de Agronomía; DANIEL VÁZQUEZ PEYRONEL, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; MARTIN CONRADO QUINCKE WALDEN, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; MARIA PAULA SILVA VILLELLA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; IGNACIO AGUILAR GARCIA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; LUCÍA GUTIÉRREZ, Universidad de la República (UdelaR)/ Facultad de Agronomía; Universidad de Wisconsin-Madison. |
Título : |
Resource allocation optimization with multi-trait genomic prediction for bread wheat (Triticum aestivum L.) baking quality. [Original article]. |
Fecha de publicación : |
2018 |
Fuente / Imprenta : |
Theoretical and Applied Genetics, 1 December 2018, Volume 131, Issue 12, pp. 2719-2731. OPEN ACCESS. |
ISSN : |
0040-5752 |
DOI : |
10.1007/s00122-018-3186-3 |
Idioma : |
Inglés |
Notas : |
Article history: Received: 29 January 2018 / Accepted: 10 September 2018 / Published online: 19 September 2018.
Supplementary materials.
Acknowledgements: We express our appreciation for the effort of the technical personnel of INIA La Estanzuela from ?Laboratorio de calidad industrial de granos.? Support for doctoral work of BL was provided by Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII), Uruguay, through Grant POS_NAC_2013_1_11261 and by Comisión Sectorial de Investigación Científica (CSIC), Uruguay, through grants in the program internships abroad. We would like to thank two anonymous reviewers for their comments that improved the manuscript.
Open Access
Copyright information: This article is distributed under the terms of the Creative Commons Attribution 4.0 International License (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided you give appropriate credit to the original author(s) and the source, provide a link to the Creative Commons license, and indicate if changes were made. |
Contenido : |
KEY MESSAGE: Multi-trait genomic prediction models are useful to allocate available resources in breeding programs by targeted phenotyping of correlated traits when predicting expensive and labor-intensive quality parameters.
ABSTRACT: Multi-trait genomic prediction models can be used to predict labor-intensive or expensive correlated traits where phenotyping depth of correlated traits could be larger than phenotyping depth of targeted traits, reducing resources and improving prediction accuracy. This is particularly important in the context of allocating phenotyping resource in plant breeding programs. The objective of this work was to evaluate multi-trait models predictive ability with different depth of phenotypic information from correlated traits. We evaluated 495 wheat advanced breeding lines for eight baking quality traits which were genotyped with genotyping-by-sequencing. Through different approaches for cross-validation, we evaluated the predictive ability of a single-trait model and a multi-trait model. Moreover, we evaluated different sizes of the training population (from 50 to 396 individuals) for the trait of interest, different depth of phenotypic information for correlated traits (50 and 100%) and the number of correlated traits to be used (one to three). There was no loss in the predictive ability by reducing the training population up to a 30% (149 individuals) when using correlated traits. A multi-trait model with one highly correlated trait phenotyped for both the training and testing sets was the best model considering phenotyping resources and the gain in predictive ability. The inclusion of correlated traits in the training and testing lines is a strategic approach to replace phenotyping of labor-intensive and high cost traits in a breeding program.
© 2018, The Author(s). MenosKEY MESSAGE: Multi-trait genomic prediction models are useful to allocate available resources in breeding programs by targeted phenotyping of correlated traits when predicting expensive and labor-intensive quality parameters.
ABSTRACT: Multi-trait genomic prediction models can be used to predict labor-intensive or expensive correlated traits where phenotyping depth of correlated traits could be larger than phenotyping depth of targeted traits, reducing resources and improving prediction accuracy. This is particularly important in the context of allocating phenotyping resource in plant breeding programs. The objective of this work was to evaluate multi-trait models predictive ability with different depth of phenotypic information from correlated traits. We evaluated 495 wheat advanced breeding lines for eight baking quality traits which were genotyped with genotyping-by-sequencing. Through different approaches for cross-validation, we evaluated the predictive ability of a single-trait model and a multi-trait model. Moreover, we evaluated different sizes of the training population (from 50 to 396 individuals) for the trait of interest, different depth of phenotypic information for correlated traits (50 and 100%) and the number of correlated traits to be used (one to three). There was no loss in the predictive ability by reducing the training population up to a 30% (149 individuals) when using correlated traits. A multi-trait model with one highly correlated trait phenotyped f... Presentar Todo |
Palabras claves : |
ABILITY TESTING; FORECASTING; GENOMIC PREDICTIONS; PLANT BREEDING PROGRAMS; PLANTS (BOTANY); PLATAFORMA AGROALIMENTOS; QUALITY CONTROL; SOFTWARE TESTING. |
Thesagro : |
GENES. |
Asunto categoría : |
U10 Métodos matemáticos y estadísticos |
URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/11357/1/Lado2018-Article-ResourceAllocationOptimization.pdf
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/12863/1/122-2018-3186-MOESM1-ESM.pdf
https://link.springer.com/content/pdf/10.1007%2Fs00122-018-3186-3.pdf
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Marc : |
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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas; INIA Treinta y Tres. |
Fecha actual : |
29/09/2022 |
Actualizado : |
30/09/2022 |
Tipo de producción científica : |
Revista INIA |
Autor : |
INIA (INSTITUTO NACIONAL DE INVESTIGACIÓN AGROPECUARIA) |
Título : |
Revista INIA Uruguay. (N° 70, Setiembre 2022). |
Fecha de publicación : |
2022 |
Fuente / Imprenta : |
Montevideo (Uruguay): INIA, 2022. |
Páginas : |
107 p. |
Serie : |
(Revista INIA; 70). |
ISSN : |
1510-9011 |
Idioma : |
Español |
Contenido : |
INFORME ESPECIAL - UPAG2: ARROZ+SOJA+CARNE. Un modelo "ganar-ganar" para arroceros y ganaderos. CONTENIDO: INIA POR DENTRO: Premio a la excelencia científica en Lechería. -- Entrevista al Ing. Agr. Alejandro Pizzolon. -- Convenio INIA e InMujeres. -- PRODUCCIÓN ANIMAL: El CRILU - Fase II. -- Desempeño productivo y reproductivo del merino ultrafino uruguayo. -- Causas de aborto en ovinos de Uruguay. -- Bacterias causantes de pietín en Uruguay. -- SUSTENTABILIDAD: Manual de consulta sobre la huella de carbono de la ganadería uruguaya. -- Emisones de N2O provenientes de la orina de bovinos. -- Efecto del riego en rotaciones agrícolas sobre el carbono orgánico del suelo. -- PASTURAS: El desafío de regar pasturas en Uruguay. -- ¿Qué factores controlan la proteína del forraje del campo natural?. -- Cuantificación y caracterización de taninos condensados en leguminosas del género Lotus. -- SOCIO ECONOMÍA: BIOMA PAMPA: una historia de sinergias entre pastizales, ganado y humanos. -- INFORME ESPECIAL: Unidad de producción Arroz-Ganadería-UPAG 2. -- CULTIVOS: Manejo de yuyos colorados resistentes. -- Vaneo en trigo y cebada causado por heladas en estados reproductivos. -- HORTIFRUTICULTURA: ¿Es posible desarrollar variedades de boniato de pulpa violeta como una nueva alternativa de diversificación?. -- Fertirriego en cítricos. -- AGROALIMENTOS: Componentes bioactivos de aceites de oliva virgen extra nacionales y su relación con la salud cardiovascular. -- FPTA: FPTA 357: cultivos de servicio. -- ACTIVIDADES: XX Taller de evaluación de los diagnósticos de gestación vacuna. -- Jornada técnica lechera. -- Desafíos y oportunidades para la apicultura en un contexto en transformación. -- Producción de carne y lana cuidando el ambiente. -- INIA dijo presente en Expo Prado 2022. -- INIA podcast: un nuevo canal de comunicación. MenosINFORME ESPECIAL - UPAG2: ARROZ+SOJA+CARNE. Un modelo "ganar-ganar" para arroceros y ganaderos. CONTENIDO: INIA POR DENTRO: Premio a la excelencia científica en Lechería. -- Entrevista al Ing. Agr. Alejandro Pizzolon. -- Convenio INIA e InMujeres. -- PRODUCCIÓN ANIMAL: El CRILU - Fase II. -- Desempeño productivo y reproductivo del merino ultrafino uruguayo. -- Causas de aborto en ovinos de Uruguay. -- Bacterias causantes de pietín en Uruguay. -- SUSTENTABILIDAD: Manual de consulta sobre la huella de carbono de la ganadería uruguaya. -- Emisones de N2O provenientes de la orina de bovinos. -- Efecto del riego en rotaciones agrícolas sobre el carbono orgánico del suelo. -- PASTURAS: El desafío de regar pasturas en Uruguay. -- ¿Qué factores controlan la proteína del forraje del campo natural?. -- Cuantificación y caracterización de taninos condensados en leguminosas del género Lotus. -- SOCIO ECONOMÍA: BIOMA PAMPA: una historia de sinergias entre pastizales, ganado y humanos. -- INFORME ESPECIAL: Unidad de producción Arroz-Ganadería-UPAG 2. -- CULTIVOS: Manejo de yuyos colorados resistentes. -- Vaneo en trigo y cebada causado por heladas en estados reproductivos. -- HORTIFRUTICULTURA: ¿Es posible desarrollar variedades de boniato de pulpa violeta como una nueva alternativa de diversificación?. -- Fertirriego en cítricos. -- AGROALIMENTOS: Componentes bioactivos de aceites de oliva virgen extra nacionales y su relación con la salud cardiovascular. -- FPTA: FPTA 357: cultivos de ... Presentar Todo |
Thesagro : |
APICULTURA; ARROZ; BIOTECNOLOGIA; BOVINOS DE CARNE; CAMBIO CLIMÁTICO; CIENCIA; CLIMATOLOGIA; COMUNICACIÓN; CULTIVOS DE GRANO; ESPECIES FORRAJERAS; EXPLOTACION AGRICOLA FAMILIAR; FORESTALES; FORRAJERAS; FORRAJES; FRUTALES; FRUTICULTURA; GANADO BOVINO; GRANOS; HORTALIZAS; HORTICULTURA; INIA; INNOVACION; INVESTIGACIÓN; LECHERÍA; LEGUMINOSAS; MEJORAMIENTO ANIMAL; METEOROLOGIA; OVINOS; PASTURAS; PRODUCCIÓN ANIMAL; SEMILLAS; SUELOS; SUSTENTABILIDAD; TRANSFERENCIA DE TECNOLOGIA; VARIEDADES; VITICULTURA. |
Asunto categoría : |
A50 Investigación agraria |
URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/16780/1/Revista-INIA-70-setiembre-2022.pdf
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Marc : |
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