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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
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Fecha : |
04/10/2014 |
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Actualizado : |
06/06/2023 |
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Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
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Autor : |
UMAÑA, R.; PRITSCH, C.; ARBIZA, J.R.; RIVAS, F.; PAGLIANO, G. |
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Afiliación : |
CARLOS FERNANDO RIVAS GRELA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay. |
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Título : |
Evaluation of four viroid rna extraction methods for the molecular diagnosis of cevd in citrus lemon using rt-pcr, dot blot and northern blot. [Evaluación de cuatro métodos de extracción de ARN viroide para el diagnóstico molecular de CEVd en Citrus limon mediante RT-PCR, Dot blot y Northern blot.]. |
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Fecha de publicación : |
2013 |
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Fuente / Imprenta : |
Biotecnologia Aplicada, 2013, v.30, no.2, p.125-130. |
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Descripción física : |
2-s2.0-84884171392 |
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Serie : |
1027-2852 |
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ISSN : |
1027-2852 |
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Idioma : |
Inglés |
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Contenido : |
ABSTRACT.
An efficient method for RNA extraction that leads to RNA high yield and purity is a technical issue relevant for development and optimization of molecular diagnostic methods aimed to detect viroid infections in citrus varieties. Residual contaminants may affect RNA detection depending on the molecular diagnosis approaches. This condition can be evaluated through RNA absorption spectrum analysis. Functionally, it is assessed through observation of RTPCR amplification products and Northern blot and Dot-blot signal intensities, displaying levels of analytical response/ sensitivity. Four RNA extraction methods were evaluated to determine their effects on the capacity to detect viroid CEVd presence/absence in Citrus limon through four molecular diagnostic approaches: 1) conventional viroid extraction (CVE); 2) phenol/guanidine thiocyanate (PGT), 3) SDS/potassium acetate (SPA); and 4) formaldehyde/ SSC (FS). Phloem tissue quantifications showed values between 7500 ng/μL and 1200 ng/μL and ranged 1.3-2.0 OD260/280. Evaluations through RT-PCR showed the expected amplifications of the entire CEVd genome, but erratic scenarios still remained. Non-radioactive probe hybridization techniques revealed high intensity signals (132 RU) for infected tissue, by using the CVE method, and a positivity cut-off for the presence of infection was established (78 RU). Nevertheless, molecular hybridization tools can jeopardize the diagnosis due to the thoroughness of the protocol and the RNA template conditions. The diagnostic ability of the association of Northern blot with CVE viroid extraction
analyses as starting point was evidenced for successful detection, among the molecular methods tested.
RESUMEN.Evaluación de cuatro métodos de extracción de ARN viroide para el diagnóstico molecular de CEVd en Citrus limon mediante RT-PCR, Dot blot y Northern blot. En el desarrollo de metodologías moleculares diagnósticas en variedades cítricas propensas a infección viroide, se precisa la extracción efi ciente de ARN, siguiendo criterios de concentración y pureza. Los contaminantes remanentes pueden afectar la detección según la herramienta molecular escogida. Esta condición se analiza a partir del espectro de absorción del ARN; mediante la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR) y por los niveles de intensidad de las señales de Northern blot y Dot blot, en términos de respuesta analítica/sensibilidad. Se evaluaron cuatro métodos de extracción de ARN, por sus
efectos sobre la detección de presencia/ausencia del Citrus Exocortis Viroid (CEVd) en Citrus limon mediante análisis moleculares diagnósticos: 1) extracción viroide convencional (EVC); 2) fenol/tiocianato de guanidina (FTG); 3) SDS/ acetato de potasio (SAP); y 4) formaldehído/SSC (FS). Los valores del tejido de fl oema estuvieron entre 7500 ng/μL y 1200 ng/μL y los rangos entre 1.3 y 2.0 DO260/280. La evaluación por aproximaciones de la RT-PCR reflejó las amplifi caciones esperadas del genoma completo del CEVd; sin embargo, aún se discuten los escenarios erráticos.
Las hibridaciones no radiactivas revelaron señales de alta intensidad (132 UR) para el tejido infectado, según el método de EVC, y la defi nición del límite de positividad para la presencia de infección (78 UR). Las herramientas basadas en hibridaciones moleculares interfi eren en el diagnóstico, por la rigurosidad del protocolo y las condiciones del ARN molde. La extracción viroide como punto de partida de una detección exitosa y los métodos moleculares ensayados, mostraron las posibilidades diagnósticas de la asociación de Northern blot con la EVC. MenosABSTRACT.
An efficient method for RNA extraction that leads to RNA high yield and purity is a technical issue relevant for development and optimization of molecular diagnostic methods aimed to detect viroid infections in citrus varieties. Residual contaminants may affect RNA detection depending on the molecular diagnosis approaches. This condition can be evaluated through RNA absorption spectrum analysis. Functionally, it is assessed through observation of RTPCR amplification products and Northern blot and Dot-blot signal intensities, displaying levels of analytical response/ sensitivity. Four RNA extraction methods were evaluated to determine their effects on the capacity to detect viroid CEVd presence/absence in Citrus limon through four molecular diagnostic approaches: 1) conventional viroid extraction (CVE); 2) phenol/guanidine thiocyanate (PGT), 3) SDS/potassium acetate (SPA); and 4) formaldehyde/ SSC (FS). Phloem tissue quantifications showed values between 7500 ng/μL and 1200 ng/μL and ranged 1.3-2.0 OD260/280. Evaluations through RT-PCR showed the expected amplifications of the entire CEVd genome, but erratic scenarios still remained. Non-radioactive probe hybridization techniques revealed high intensity signals (132 RU) for infected tissue, by using the CVE method, and a positivity cut-off for the presence of infection was established (78 RU). Nevertheless, molecular hybridization tools can jeopardize the diagnosis due to the thoroughness of the protocol ... Presentar Todo |
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Palabras claves : |
CEVd. |
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Thesagro : |
CITRUS; DETECCIÓN DE VIROIDES DE CITRUS; DIAGNOSTICO; ENFERMEDADES DE LOS CITRUS; TECNICAS; VIROSIS. |
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Asunto categoría : |
--
H20 Enfermedades de las plantas |
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URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/3438/1/Rivas-F.-2013.-Biotec.Aplicada-v.302-p.125-130.pdf
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/3439/1/Rivas-F.-2013.-Biotec.Aplicada-v.302-p.131-136.pdf
http://www.medigraphic.com/pdfs/biotecapl/ba-2013/ba132g.pdf
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Marc : |
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| 4. |  | JAURENA, M.; LEZAMA, F.; SALVO, L.; CARDOZO, G.; AYALA, W.; TERRA, J.A.; NABINGER, C. The dilemma of improving native grasslands by overseeding legumes: production intensification or diversity conservation. Rangeland Ecology & Management, 2016, v. 69, no. 1 p. 35-42. Article history: Received 25 November 2014; Accepted 23 September 2015.| Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : Internacional - -- |
| Biblioteca(s): INIA Tacuarembó; INIA Treinta y Tres. |
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| 5. | | JAURENA, M.; SALVO, L.; TERRA, J.A.; AYALA, W.; BARRIOS, E.; LEZAMA, F. Cambios en el largo plazo de características de suelo y vegetación de mejoramientos de campo natural. ln: Reunión del Grupo Técnico en Forrajeras del Cono Sur, Grupo Campos, 22, 2008, Minas, Uruguay Ayala, W.; Lezama, F.; Barrios, E.; Bemhaja, M.; Saravia, H.; Formoso, D.; Boggiano, P., ed. Bioma campos : Innovando para mantener su sustentabilidad y competitividad. Memorias. Minas (Uruguay): Grupo Campos, 2008.| Tipo: Trabajos en Congresos/Conferencias |
| Biblioteca(s): INIA Treinta y Tres. |
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| 6. | | TERRA, J.A.; PRAVIA, M.; SALVO, L.; CARBONE, A.M.; GARCÍA PRÉCHAC, F. Desde la viabilidad de la siembra directa en suelos marginales hasta la oportunidad del manejo sitio específico de los mismos. ln: Simposio Nacional de Agricultura de Secano, 1.; 2009, Paysandú, Uruguay Hoffman, E.; Ribeiro, A.; Ernst, O.; García F.O., comp. Primer simposio nacional de agricultura de secano. Montevideo (Uruguay): Facultad de Agronomía, 2009. p. 91-110| Tipo: Trabajos en Congresos/Conferencias |
| Biblioteca(s): INIA Treinta y Tres. |
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| 7. | | TERRA, J.A.; PRAVIA, V.; SALVO, L.; CARBONE, A.M.; GARCÍA PRÉCHAC, F. Desde la viabilización de la siembra directa en suelos marginales hasta la oportunidad del manejo sitio específico de los mismos. In: [Actas]. Hoffman, E.; Ribeiro, A.; Ernst, O.; García, F. O., eds. Simposio Nacional de Agricultura de Secano, 1, 2009. Paysandú: Facultad de Agronomía, UDELAR, IPNI Cono Sur. p. 91-110.| Tipo: Trabajos en Congresos/Conferencias |
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| 8. | | Jaurena, M.; Salvo, L.; Terra, J.; Ayala, W.; Bermúdez, R.; Barrios, E.; Lezama, F. Microcuencas apareadas en Tacuarembó: contribución de raíces de comunidades de campo natural pastoreado y sombreado con Pinus taeda ln: Reunión del grupo técnico en forrajeras del Cono Sur, 22., 2008, Minas, Uruguay Bioma campos: innovando para mantener su sustentabilidad y competitividad. Memorias. Minas (Uruguay): INIA; FAO; PROCISUR, 2008. p. 188 Versión impresa y en CD ROM Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria, Uruguay; FAO; PROCISUR| Biblioteca(s): INIA Las Brujas; INIA Tacuarembó. |
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| 10. | | GARCÍA-PRÉCHAC, F.; SALVO, L.; ERNST, O.; SIRI-PRIETO, G.; QUINCKE, A.; TERRA, J.A. Long-term effects of different agricultural soil use and management systems on soil degradation in Uruguay. In: Li R., Napier T.L., El-Swaify S.A., Sabir M., Rienzi E. (eds). Global Degradation of Soil and Water Resources. Springer, Singapore, 2022. https://doi.org/10.1007/978-981-16-7916-2_7 p.77-92. Chapter history: First Online 01 January 2022.| Tipo: Capítulo en Libro Técnico-Científico |
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| 11. | | SALVO, L.; TERRA, J.A.; AYALA, W.; BERMÚDEZ, R.; CORREA, J.; AVILA, P.; HERNÁNDEZ, J. Impacts of long-term phosphorus fertilization and addition of perennial legumes on temperate natural grassland. II. Total and particulate soil organic carbon. Abstract. ln: International Grassland Congress, 22nd; International Rangeland Congress, 8th. Proceedings. Multifunctional in a changing world. 2008. Hohhot (China): Guangdong People´s Publishing House. v. 1, p. 382 p.| Tipo: Abstracts/Resúmenes |
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| 12. | | MARTÍNEZ, A.; OREGGIONI, D.; FERRANDO, L.; FERNÁNDEZ, A.; ILLARZE, G.; IRISARRI, P.; SALVO, L.; TERRA, J.A.; TARLERA, S. Emisión de metano en distintos sistemas arroceros del este uruguayo. [Resumen]. In: Libro de resúmenes de las TERCERAS JORNADAS INTERDISCIPLINARIAS EN BIODIVERSIDAD Y ECOLOGIA. "Desafíos socio-ambientales para el Uruguay del futuro" 28 de Noviembre a 2 de Diciembre 2016, Centro Universitario Regional del Este Rocha, Uruguay. p.113.| Tipo: Abstracts/Resúmenes |
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| 13. | | JAURENA, M.; AYALA, W.; TERRA, J.A.; BERMÚDEZ, R.; BARRIOS, E.; LAGOMARSINO, X.; CORREA, J.; AVILA, P.; SALVO, L.; HERNÁNDEZ, J. Impactos de la fertilización fosfatada y la inclusión de leguminosas en pasturas. ln: Día de Campo, 2010, Treinta y Tres, Uruguay Día de Campo. Treinta y Tres (Uruguay): INIA, 2010. p. 11-13 INIA Treinta y Tres. Unidad Experimental Palo a Pique (UEPP)| Biblioteca(s): INIA Tacuarembó. |
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| 14. | | DI SALVO, L.; GARCÍA, J.E.; PUENTE, M.L.; AMIGO, J.; ANRIQUEZ, A.; BARLOCCO, C.; BENINTENDE, S.; BOCHATAY, T.; BORTOLATO, M.; CASSÁN, F.; CASTAÑO, C.; CATAFESTA, M.; CONIGLIO, A.; DÍAZ, M.; GALIÁN, L.R.; GALLACE, E.; GARCÍA, P.; GARCÍA DE SALAMONE, I.E.; LANDA, M.; LIERNUR, G.; MANEIRO, M.L.; MASSA, R.; MALINVERNI, J.; MARCHESSI, N.; MONTELEONE, E.; OVIEDO, S.; POBLITI, L.; PORTELA, G.; RADOVANCICH, D; RIGHES, S.; ROCHA, R.; RODRÍGUEZ CÁCERES, E.; ROSSI, A.; SANTELLA, G.; TORTORA, M.L.; TREJO, N.; VALENZUELA, J.A.; VALLEJO, D. The drop plate method as an alternative for Azospirillum spp viable cell enumeration within the consensus protocol of the REDCAI network. (Brief report). [La técnica de la microgota como alternativa para el recuento de Azospirillum spp. dentro del protocolo de la Red de Control de Calidad de Inoculantes (REDCAI).] Revista Argentina de Microbiología, 2022, Volume 54, Issue 2, Pages 152-157. OPEN ACCESS. doi: https://doi.org/10.1016/j.ram.2021.05.002 Article history: Received 24 November 2020, Accepted 12 May 2021, Available online 7 July 2021. -- Corresponding author. M.L. Puente, e-mail address: puente.mariana@inta.gob.ar -- LICENSE: Este es un artículo Open Access bajo la licencia...| Tipo: Artículos en Revistas Indexadas Internacionales | Circulación / Nivel : Internacional - -- |
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