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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
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Fecha : |
23/08/2022 |
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Actualizado : |
22/05/2023 |
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Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Nacionales |
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Autor : |
CARRACELAS, B.; NAVAJAS, E.; VERA, B.; CIAPPESONI, G. |
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Afiliación : |
EMERITA BEATRIZ CARRACELAS MARQUEZ, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; ELLY ANA NAVAJAS VALENTINI, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; BRENDA VERA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; CARLOS GABRIEL CIAPPESONI SCARONE, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay. |
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Título : |
SNP arrays evaluation as tools in genetic improvement in Corriedale sheep in Uruguay. [Evaluación de paneles de SNP como herramientas en la mejora genética de ovinos Corriedale en Uruguay]. [Avaliação de painéis de SNP como ferramentas em melhoramento genético de ovinos Corriedale no Uruguai]. |
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Complemento del título : |
Animal production and pastures. |
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Fecha de publicación : |
2022 |
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Fuente / Imprenta : |
Agrociencia Uruguay, 2022, vol. 26, number 2, article e998. doi: https://doi.org/10.31285/AGRO.26.998 |
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ISSN : |
2730-5066 |
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DOI : |
10.31285/AGRO.26.998 |
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Idioma : |
Inglés |
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Notas : |
Article history: Received 09 Feb 2022; Accepted 30 May 2022; Published 19 Aug 2022. Editor: Mariana Carriquiry, Universidad de la República, Facultad de Agronomía, Montevideo, Uruguay. Correspondence: Beatriz Carracelas, bcarracelas@inia.org.uy -- License: This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License. (CC BY 4.0). |
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Contenido : |
ABSTRACT.- One control strategy for gastrointestinal nematodes (GIN) is genetic selection. This studys objective was to compare eggs per gram of feces (FEC) and fiber diameter (FD) estimated breeding values (EBV) and genomic EBV (GEBV) in Corriedale breed. Analysis included 19547 lambs with data, and 454, 711 and 383 genotypes from 170, 507 and 50K SNP chips, respectively. A univariate animal model was used for EBV and GEBV estimation, which included contemporary group, type of birth and dam age as fixed effects, and age at recording as covariate. Differential weights (?) were considered in the genomic relationship matrix (G), and the best fit models were identified using Akaikes Information Criterion (AIC), which were later used for GEBV and accuracies estimation. The use of only impacted on low density SNP chips. No differences were observed in mean accuracies for the whole population. However, in the genotyped subgroup accuracies increased by 2% with the 170 SNP chip (?=0.25), and by 5% (?=0.5) and 14% (?=0.75) with the 507 SNP chip. No differences were observed in FD EBV and GEBV mean accuracies. These results show that it is possible to increase GEBV accuracies despite the use of low-density chips -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-..-RESUMEN.- Una alternativa para el control de losnematodos gastrointestinales (NGI) es la selección genética. El objetivo de este trabajo fue comparar las precisiones de los valores de cría (EBV) y los EBV genómicos (GEBV) del recuento de huevos por gramo en heces (HPG) y diámetro de fibra (DF) en la raza Corriedale. El análisis incluyó 19547 corderos con datos fenotípicos y 454, 711 y 383 genotipados con paneles o chips de 170, 507 y 50K SNP, respectivamente. Los EBV y GEBV se estimaron con un modelo animal univariado que incluyó los efectos fijos:grupo contemporáneo, tipo de nacimiento y edad de la madre,y edad al registro como covariable. Se consideraron pesos diferenciales (?) en la matriz de relaciones genómicas, identificándose los modelos con mejor ajuste con el criterio de información de Akaike (AIC), que fueron utili-zados para la estimación de los GEBV y sus precisiones. El uso de ?solo impactó en el ajuste con paneles de baja densidad. No se encontraron diferencias en las precisiones promedio de la población total. En cambio, en el subgrupo de animales genotipados las precisiones aumentaron 2% con 170 SNP (?=0.25), y con 507 SNP 5% (?=0.5) y 14% (?=0.75). No hubo diferencias en precisiones de los EBV y los GEBV de DF. Los resultados muestran que es posible aumentar las precisiones de los GEBV aun con paneles de baja densidad. -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-..-RESUMO.- Uma alternativa para o controle de nematóidesgastrointestinais (NGI) é a seleção genética. O objetivo deste trabalho foi comparar as precisões dos valores genéticos estimados (EBV) e dos EBVs genômicos (GEBV) da contagem de ovos por grama de fezes (OPG) e diâmetro de fibra (DF) na raça Corriedale. Aanálise incluiu 19547 cordeiros com dados e 454, 711 e 383 genotipados de 170, 507 e 50K SNPs, respectivamente. Foram estimados os EBV e GEBV com um modelo animal univariado que incluiu efeitos fixos de grupo contemporâneo, tipo de nascimento e idade da mãe e idade no registro (covariável). Pesos diferenciais (?) foram considerados na matriz de relações genômicas, identificando os modelos com melhor ajuste via critério de informação de Akaike (AIC), os quais foram utilizados para estimar o GEBV e suas precisões. O uso de ?=0.75 somente impactou no ajuste com painéis de baixa densidade. Não foram encontradas diferenças na precisão média da população total. Em contraste, no subgrupo de animais genotipados as precisões aumentaram 2% com 170 SNPs (?=0.25), e com 507 SNPs 5% (?=0.5) e 14% (?=0.75). Não houve diferenças na precisão de EBV e GEBV de DF. Os resultados mostram que é possível aumentar a precisão de GEBVs mesmo que se utilizem painéis de baixa densidade. MenosABSTRACT.- One control strategy for gastrointestinal nematodes (GIN) is genetic selection. This studys objective was to compare eggs per gram of feces (FEC) and fiber diameter (FD) estimated breeding values (EBV) and genomic EBV (GEBV) in Corriedale breed. Analysis included 19547 lambs with data, and 454, 711 and 383 genotypes from 170, 507 and 50K SNP chips, respectively. A univariate animal model was used for EBV and GEBV estimation, which included contemporary group, type of birth and dam age as fixed effects, and age at recording as covariate. Differential weights (?) were considered in the genomic relationship matrix (G), and the best fit models were identified using Akaikes Information Criterion (AIC), which were later used for GEBV and accuracies estimation. The use of only impacted on low density SNP chips. No differences were observed in mean accuracies for the whole population. However, in the genotyped subgroup accuracies increased by 2% with the 170 SNP chip (?=0.25), and by 5% (?=0.5) and 14% (?=0.75) with the 507 SNP chip. No differences were observed in FD EBV and GEBV mean accuracies. These results show that it is possible to increase GEBV accuracies despite the use of low-density chips -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-..-RESUMEN.- Una alternativa para el control de losnematodos gastrointestinales (NGI) es la selección genética. El objetivo de este trabajo fue comparar las precisiones de los valores de cría (EBV) y los EBV genómicos (GEBV) del recuento... Presentar Todo |
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Palabras claves : |
Accuracy; FEC; GEBV; HPG; OPG; Precisão; Precisión. |
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Thesagro : |
CORRIEDALE. |
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Asunto categoría : |
L10 Genética y mejoramiento animal |
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URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/16637/1/998-Article-Text-6221-1-10-20220819.pdf
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Marc : |
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500 $aArticle history: Received 09 Feb 2022; Accepted 30 May 2022; Published 19 Aug 2022. Editor: Mariana Carriquiry, Universidad de la República, Facultad de Agronomía, Montevideo, Uruguay. Correspondence: Beatriz Carracelas, bcarracelas@inia.org.uy -- License: This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License. (CC BY 4.0).
520 $aABSTRACT.- One control strategy for gastrointestinal nematodes (GIN) is genetic selection. This studys objective was to compare eggs per gram of feces (FEC) and fiber diameter (FD) estimated breeding values (EBV) and genomic EBV (GEBV) in Corriedale breed. Analysis included 19547 lambs with data, and 454, 711 and 383 genotypes from 170, 507 and 50K SNP chips, respectively. A univariate animal model was used for EBV and GEBV estimation, which included contemporary group, type of birth and dam age as fixed effects, and age at recording as covariate. Differential weights (?) were considered in the genomic relationship matrix (G), and the best fit models were identified using Akaikes Information Criterion (AIC), which were later used for GEBV and accuracies estimation. The use of only impacted on low density SNP chips. No differences were observed in mean accuracies for the whole population. However, in the genotyped subgroup accuracies increased by 2% with the 170 SNP chip (?=0.25), and by 5% (?=0.5) and 14% (?=0.75) with the 507 SNP chip. No differences were observed in FD EBV and GEBV mean accuracies. These results show that it is possible to increase GEBV accuracies despite the use of low-density chips -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-..-RESUMEN.- Una alternativa para el control de losnematodos gastrointestinales (NGI) es la selección genética. El objetivo de este trabajo fue comparar las precisiones de los valores de cría (EBV) y los EBV genómicos (GEBV) del recuento de huevos por gramo en heces (HPG) y diámetro de fibra (DF) en la raza Corriedale. El análisis incluyó 19547 corderos con datos fenotípicos y 454, 711 y 383 genotipados con paneles o chips de 170, 507 y 50K SNP, respectivamente. Los EBV y GEBV se estimaron con un modelo animal univariado que incluyó los efectos fijos:grupo contemporáneo, tipo de nacimiento y edad de la madre,y edad al registro como covariable. Se consideraron pesos diferenciales (?) en la matriz de relaciones genómicas, identificándose los modelos con mejor ajuste con el criterio de información de Akaike (AIC), que fueron utili-zados para la estimación de los GEBV y sus precisiones. El uso de ?solo impactó en el ajuste con paneles de baja densidad. No se encontraron diferencias en las precisiones promedio de la población total. En cambio, en el subgrupo de animales genotipados las precisiones aumentaron 2% con 170 SNP (?=0.25), y con 507 SNP 5% (?=0.5) y 14% (?=0.75). No hubo diferencias en precisiones de los EBV y los GEBV de DF. Los resultados muestran que es posible aumentar las precisiones de los GEBV aun con paneles de baja densidad. -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-..-RESUMO.- Uma alternativa para o controle de nematóidesgastrointestinais (NGI) é a seleção genética. O objetivo deste trabalho foi comparar as precisões dos valores genéticos estimados (EBV) e dos EBVs genômicos (GEBV) da contagem de ovos por grama de fezes (OPG) e diâmetro de fibra (DF) na raça Corriedale. Aanálise incluiu 19547 cordeiros com dados e 454, 711 e 383 genotipados de 170, 507 e 50K SNPs, respectivamente. Foram estimados os EBV e GEBV com um modelo animal univariado que incluiu efeitos fixos de grupo contemporâneo, tipo de nascimento e idade da mãe e idade no registro (covariável). Pesos diferenciais (?) foram considerados na matriz de relações genômicas, identificando os modelos com melhor ajuste via critério de informação de Akaike (AIC), os quais foram utilizados para estimar o GEBV e suas precisões. O uso de ?=0.75 somente impactou no ajuste com painéis de baixa densidade. Não foram encontradas diferenças na precisão média da população total. Em contraste, no subgrupo de animais genotipados as precisões aumentaram 2% com 170 SNPs (?=0.25), e com 507 SNPs 5% (?=0.5) e 14% (?=0.75). Não houve diferenças na precisão de EBV e GEBV de DF. Os resultados mostram que é possível aumentar a precisão de GEBVs mesmo que se utilizem painéis de baixa densidade.
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Registro original : |
INIA Las Brujas (LB) |
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
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Fecha actual : |
26/03/2021 |
|
Actualizado : |
26/03/2021 |
|
Tipo de producción científica : |
Serie FPTA |
|
Autor : |
PÉREZ, A.; ALONSO, B.; ERNST, F.; RODRÍGUEZ, C.; CESIO, V.; HEINZEN, H.; COLAZZO, M.; PAREJA, L.; PEREIRA, A.; MÁRQUEZ, A.; ERRICO, E. |
|
Afiliación : |
ANDRÉS PÉREZ PARADA, Grupo de Análisis de Compuestos Traza – GACT, Facultad de Química, Universidad de la República, Montevideo, Uruguay; Dpto. Desarrollo Tecnológico, Centro Universitario Regional del Este (CURE), Universidad de la República, Rocha, Uruguay; BEATRIZ ALONSO, Grupo de Análisis de Compuestos Traza – GACT, Facultad de Química, Universidad de la República, Montevideo, Uruguay.; FEDERICO ERNST, Grupo de Análisis de Compuestos Traza – GACT, Facultad de Química, Universidad de la República, Montevideo, Uruguay.; CINTIA RODRÍGUEZ, Grupo de Análisis de Compuestos Traza – GACT, Facultad de Química, Universidad de la República, Montevideo, Uruguay.; MARÍA VERÓNICA CESIO, Grupo de Análisis de Compuestos Traza – GACT, Facultad de Química, Universidad de la República, Montevideo, Uruguay.; HORACIO HEINZEN, Grupo de Análisis de Compuestos Traza – GACT, Facultad de Química, Universidad de la República, Montevideo, Uruguay.; MARCOS COLAZZO, Grupo de Análisis de Compuestos Traza – GACT, Departamento de Química del Litoral, CENUR Litoral Norte, Universidad de la República, Paysandú, Uruguay.; LUCÍA PAREJA, Grupo de Análisis de Compuestos Traza – GACT, Departamento de Química del Litoral, CENUR Litoral Norte, Universidad de la República, Paysandú, Uruguay.; ALFREDO PEREIRA, Dirección Nacional de Recursos Acuáticos – DINARA, Ministerio de Ganadería, Agricultura y Pesca (MGAP), Montevideo, Uruguay.; ALEJANDRO MÁRQUEZ, Dirección Nacional de Recursos Acuáticos ? DINARA, Ministerio de Ganadería, Agricultura y Pesca (MGAP), Montevideo, Uruguay.; EUGENIA ERRICO, Dirección Nacional de Recursos Acuáticos – DINARA, Ministerio de Ganadería, Agricultura y Pesca (MGAP), Montevideo, Uruguay. |
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Título : |
Residuos de plaguicidas en compartimentos ambientales. |
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Fecha de publicación : |
2020 |
|
Fuente / Imprenta : |
Montevideo (UY): INIA, 2020. |
|
Páginas : |
30 p. |
|
Serie : |
(Serie FPTA-INIA; 90) |
|
ISBN : |
e-ISBN: 978-9974-38-453-8 |
|
ISSN : |
1688-924X |
|
Idioma : |
Español |
|
Notas : |
Proyecto FPTA 324: "Estudio del impacto de las actuales prácticas agrícolas en los recursos hídricos del bajo Río Negro y Esteros de Farrapos.". Período de ejecución: Mayo 2014 - Junio 2017. Institución Ejecutora: Universidad de la República, Facultad de Química. Respónsable Técnico: Andres Perez Parada. Equipo Técnico: Beatriz Alonso, Federico Ernst, Cintia Rodríguez, María Verónica Cesio, Horacio Heinzen, Marcos Colazzo, Lucía Pareja, Alfredo Pereira, Alejandro Marquez, Eugenia Errico.
IN MEMORIAM: Alfredo Nicolás Pereira Patti (1957-2021) y Carlos Alejandro Márquez Herney (1970-2020). |
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Contenido : |
RESUMEN.
El objetivo de esta publicación es difundir los principales resultados del trabajo realizado en el marco del proyecto FPTA 324: Estudio del impacto de las actuales prácticas agrícolas en los recursos hídricos del bajo Rio Negro y Esteros de Farrapos. Las zonas estratégicas definidas en este proyecto -bajo Rio Negro (desde Mercedes aguas
abajo) y Esteros de Farrapos, RÍo Uruguay- pretendieron establecer un diagnóstico y evaluación del riesgo por plaguicidas con influencia sobre el bioma de los ríos en relación a la incidencia de los cultivos extensivos existentes como ser la producción de soja. |
|
Palabras claves : |
POLÍTICA NACIONAL DE AGUAS. |
|
Thesagro : |
IMPACTO AMBIENTAL; MONITOREO AMBIENTAL; RESIDUOS DE PLAGUICIDAS. |
|
Asunto categoría : |
A50 Investigación agraria |
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URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/15392/1/Inia-Fpta-90-proyecto-324-2020.pdf
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Marc : |
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520 $aRESUMEN. El objetivo de esta publicación es difundir los principales resultados del trabajo realizado en el marco del proyecto FPTA 324: Estudio del impacto de las actuales prácticas agrícolas en los recursos hídricos del bajo Rio Negro y Esteros de Farrapos. Las zonas estratégicas definidas en este proyecto -bajo Rio Negro (desde Mercedes aguas abajo) y Esteros de Farrapos, RÍo Uruguay- pretendieron establecer un diagnóstico y evaluación del riesgo por plaguicidas con influencia sobre el bioma de los ríos en relación a la incidencia de los cultivos extensivos existentes como ser la producción de soja.
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INIA Las Brujas (LB) |
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