| |
|
|
 | Acceso al texto completo restringido a Biblioteca INIA Las Brujas. Por información adicional contacte bibliolb@inia.org.uy. |
|
Registro completo
|
|
Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
|
Fecha : |
18/12/2017 |
|
Actualizado : |
15/10/2019 |
|
Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
|
Autor : |
LOURENCO, D.A.L.; FRAGOMENI, B.O.; BRADFORD, H.L.; MENEZES I.R.; FERRAZ, J.B.S.; AGUILAR, I.; MISZTAL, I. |
|
Afiliación : |
D.A.L. LOURENCO, Universidad de Georgia (UG); B.O. FRAGOMENI, Universidad de Georgia (UG); H.L. BRADFORD, Universidad de Georgia (UG); I.R. MENEZES, FZEA, University of Sao Paulo.; J.B.S. FERRAZ, FZEA, University of Sao Paulo.; IGNACIO AGUILAR GARCIA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; I. MISZTAL, Universidad de Georgia (UG). |
|
Título : |
Implications of SNP weighting on single-step genomic predictions for different reference population sizes. |
|
Fecha de publicación : |
2017 |
|
Fuente / Imprenta : |
Journal of Animal Breeding and Genetics, 2017, v. 134 (6), p. 463-471. |
|
DOI : |
10.1111/jbg.12288 |
|
Idioma : |
Inglés |
|
Notas : |
Article history: Received: 28 February 2017 / Accepted: 19 July 2017.
This study was partially funded by the American Angus Association (St. Joseph, MO), Zoetis (Kalamazoo, MI) and by Agriculture and Food Research Initiative Competitive Grants no. 2015-67015-22936 from the US Department of Agriculture's National Institute of Food and Agriculture. We gratefully acknowledge the very helpful comments by the two anonymous reviewers, and we thank Andra H. Nelson for assisting with data analysis. |
|
Contenido : |
ABSTRACT.
We investigated the importance of SNP weighting in populations with 2,000 to 25,000 genotyped animals. Populations were simulated with two effective sizes (20 or 100) and three numbers of QTL (10, 50 or 500). Pedigree information was available for six generations; phenotypes were recorded for the four middle generations. Animals from the last three generations were genotyped for 45,000 SNP. Single-step genomic BLUP (ssGBLUP) and weighted ssGBLUP (WssGBLUP) were used to estimate genomic EBV using a genomic relationship matrix (G). The WssGBLUP performed better in small genotyped populations; however, any advantage for WssGBLUP was reduced or eliminated when more animals were genotyped. WssGBLUP had greater resolution for genome-wide association (GWA) as did increasing the number of genotyped animals. For few QTL, accuracy was greater for WssGBLUP than ssGBLUP; however, for many QTL, accuracy was the same for both methods. The largest genotyped set was used to assess the dimensionality of genomic information (number of effective SNP). The number of effective SNP was considerably less in weighted G than in unweighted G. Once the number of independent SNP is well represented in the genotyped population, the impact of SNP weighting becomes less important.
© 2017 Blackwell Verlag GmbH |
|
Palabras claves : |
ACCURAY; BAYES B; SNP WEIGHTING; VARIABLE SELECTION; WEIGTED SSGBLUP. |
|
Asunto categoría : |
-- |
|
Marc : |
LEADER 02612naa a2200277 a 4500
001 1057902
005 2019-10-15
008 2017 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1111/jbg.12288$2DOI
100 1 $aLOURENCO, D.A.L.
245 $aImplications of SNP weighting on single-step genomic predictions for different reference population sizes.$h[electronic resource]
260 $c2017
500 $aArticle history: Received: 28 February 2017 / Accepted: 19 July 2017. This study was partially funded by the American Angus Association (St. Joseph, MO), Zoetis (Kalamazoo, MI) and by Agriculture and Food Research Initiative Competitive Grants no. 2015-67015-22936 from the US Department of Agriculture's National Institute of Food and Agriculture. We gratefully acknowledge the very helpful comments by the two anonymous reviewers, and we thank Andra H. Nelson for assisting with data analysis.
520 $aABSTRACT. We investigated the importance of SNP weighting in populations with 2,000 to 25,000 genotyped animals. Populations were simulated with two effective sizes (20 or 100) and three numbers of QTL (10, 50 or 500). Pedigree information was available for six generations; phenotypes were recorded for the four middle generations. Animals from the last three generations were genotyped for 45,000 SNP. Single-step genomic BLUP (ssGBLUP) and weighted ssGBLUP (WssGBLUP) were used to estimate genomic EBV using a genomic relationship matrix (G). The WssGBLUP performed better in small genotyped populations; however, any advantage for WssGBLUP was reduced or eliminated when more animals were genotyped. WssGBLUP had greater resolution for genome-wide association (GWA) as did increasing the number of genotyped animals. For few QTL, accuracy was greater for WssGBLUP than ssGBLUP; however, for many QTL, accuracy was the same for both methods. The largest genotyped set was used to assess the dimensionality of genomic information (number of effective SNP). The number of effective SNP was considerably less in weighted G than in unweighted G. Once the number of independent SNP is well represented in the genotyped population, the impact of SNP weighting becomes less important. © 2017 Blackwell Verlag GmbH
653 $aACCURAY
653 $aBAYES B
653 $aSNP WEIGHTING
653 $aVARIABLE SELECTION
653 $aWEIGTED SSGBLUP
700 1 $aFRAGOMENI, B.O.
700 1 $aBRADFORD, H.L.
700 1 $aMENEZES I.R.
700 1 $aFERRAZ, J.B.S.
700 1 $aAGUILAR, I.
700 1 $aMISZTAL, I.
773 $tJournal of Animal Breeding and Genetics, 2017$gv. 134 (6), p. 463-471.
Descargar
Esconder MarcPresentar Marc Completo |
|
Registro original : |
INIA Las Brujas (LB) |
|
|
Biblioteca
|
Identificación
|
Origen
|
Tipo / Formato
|
Clasificación
|
Cutter
|
Registro
|
Volumen
|
Estado
|
Volver
|
|
|
|
Registro completo
|
|
Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas; INIA Tacuarembó. |
|
Fecha actual : |
21/02/2014 |
|
Actualizado : |
03/02/2018 |
|
Tipo de producción científica : |
Capítulo en Libro Técnico-Científico |
|
Autor : |
MONTOSSI, F. |
|
Afiliación : |
FABIO MARCELO MONTOSSI PORCHILE, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay. |
|
Título : |
Visión estratégica: la contribución de este proyecto a la mejora de la competitividad de la cadena cárnica del Uruguay |
|
Fecha de publicación : |
2007 |
|
Fuente / Imprenta : |
In: MONTOSSI, F.; SAÑUDO, C. (Eds.). Cooperación Hispano-Uruguaya. Diferenciación y valorización de la carne ovina y bovina del Uruguay en Europa: Influencia de Sistemas de Producción sobre Bienestar Animal, Atributos Sensoriales, Aceptabilidad y Percepción de Consumidores y Salud Humana Montevideo (Uruguay): INIA, 2007. |
|
Páginas : |
p. 1-3 |
|
Serie : |
(INIA Serie Técnica ; 168) |
|
ISBN : |
978-9974-38-239-8 |
|
ISSN : |
1688-9266 |
|
Idioma : |
Español |
|
Contenido : |
La presente publicación representa y documenta la primera contribución generada por el Proyecto Diferenciación y valorización de las carnes uruguayas en relación a la salud humana. Este Proyecto se establece en el año 2004 y fue precedido de las importantes y estratégicas contribuciones generadas por un Proyecto pionero e inédito que se denominó Evaluación y promoción de la calidad de la carne uruguaya en base a los estándares de calidad de la Unión Europea y en función de distintos sistemas productivos del Uruguay (2001 - 2004). El mismo fue formulado sobre la base de la iniciativa, participación, coordinación y acción conjunta de institutos nacionales e internacionales de investigación y desarrollo, de los organismos del Estado y cooperación internacional, de las gremiales de productores y de la industria frigorífica. |
|
Thesagro : |
CARNE; PRODUCCION ANIMAL. |
|
Asunto categoría : |
--
L01 Ganadería |
|
URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/7792/1/st-168-2007-p.1-3.pdf
|
|
Marc : |
LEADER 01730naa a2200193 a 4500
001 1008028
005 2018-02-03
008 2007 bl uuuu u00u1 u #d
020 $a978-9974-38-239-8
022 $a1688-9266
100 1 $aMONTOSSI, F.
245 $aVisión estratégica$bla contribución de este proyecto a la mejora de la competitividad de la cadena cárnica del Uruguay
260 $c2007
300 $ap. 1-3
490 $a(INIA Serie Técnica ; 168)
520 $aLa presente publicación representa y documenta la primera contribución generada por el Proyecto Diferenciación y valorización de las carnes uruguayas en relación a la salud humana. Este Proyecto se establece en el año 2004 y fue precedido de las importantes y estratégicas contribuciones generadas por un Proyecto pionero e inédito que se denominó Evaluación y promoción de la calidad de la carne uruguaya en base a los estándares de calidad de la Unión Europea y en función de distintos sistemas productivos del Uruguay (2001 - 2004). El mismo fue formulado sobre la base de la iniciativa, participación, coordinación y acción conjunta de institutos nacionales e internacionales de investigación y desarrollo, de los organismos del Estado y cooperación internacional, de las gremiales de productores y de la industria frigorífica.
650 $aCARNE
650 $aPRODUCCION ANIMAL
773 $tIn: MONTOSSI, F.; SAÑUDO, C. (Eds.). Cooperación Hispano-Uruguaya. Diferenciación y valorización de la carne ovina y bovina del Uruguay en Europa: Influencia de Sistemas de Producción sobre Bienestar Animal, Atributos Sensoriales, Aceptabilidad y Percepción de Consumidores y Salud Humana Montevideo (Uruguay): INIA, 2007.
Descargar
Esconder MarcPresentar Marc Completo |
|
Registro original : |
INIA Las Brujas (LB) |
|
|
Biblioteca
|
Identificación
|
Origen
|
Tipo / Formato
|
Clasificación
|
Cutter
|
Registro
|
Volumen
|
Estado
|
Volver
|
| Expresión de búsqueda válido. Check! |
|
|
