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 | Acceso al texto completo restringido a Biblioteca INIA Las Brujas. Por información adicional contacte bibliolb@inia.org.uy. |
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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
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Fecha : |
18/12/2017 |
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Actualizado : |
15/10/2019 |
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Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
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Autor : |
LOURENCO, D.A.L.; FRAGOMENI, B.O.; BRADFORD, H.L.; MENEZES I.R.; FERRAZ, J.B.S.; AGUILAR, I.; MISZTAL, I. |
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Afiliación : |
D.A.L. LOURENCO, Universidad de Georgia (UG); B.O. FRAGOMENI, Universidad de Georgia (UG); H.L. BRADFORD, Universidad de Georgia (UG); I.R. MENEZES, FZEA, University of Sao Paulo.; J.B.S. FERRAZ, FZEA, University of Sao Paulo.; IGNACIO AGUILAR GARCIA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; I. MISZTAL, Universidad de Georgia (UG). |
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Título : |
Implications of SNP weighting on single-step genomic predictions for different reference population sizes. |
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Fecha de publicación : |
2017 |
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Fuente / Imprenta : |
Journal of Animal Breeding and Genetics, 2017, v. 134 (6), p. 463-471. |
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DOI : |
10.1111/jbg.12288 |
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Idioma : |
Inglés |
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Notas : |
Article history: Received: 28 February 2017 / Accepted: 19 July 2017.
This study was partially funded by the American Angus Association (St. Joseph, MO), Zoetis (Kalamazoo, MI) and by Agriculture and Food Research Initiative Competitive Grants no. 2015-67015-22936 from the US Department of Agriculture's National Institute of Food and Agriculture. We gratefully acknowledge the very helpful comments by the two anonymous reviewers, and we thank Andra H. Nelson for assisting with data analysis. |
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Contenido : |
ABSTRACT.
We investigated the importance of SNP weighting in populations with 2,000 to 25,000 genotyped animals. Populations were simulated with two effective sizes (20 or 100) and three numbers of QTL (10, 50 or 500). Pedigree information was available for six generations; phenotypes were recorded for the four middle generations. Animals from the last three generations were genotyped for 45,000 SNP. Single-step genomic BLUP (ssGBLUP) and weighted ssGBLUP (WssGBLUP) were used to estimate genomic EBV using a genomic relationship matrix (G). The WssGBLUP performed better in small genotyped populations; however, any advantage for WssGBLUP was reduced or eliminated when more animals were genotyped. WssGBLUP had greater resolution for genome-wide association (GWA) as did increasing the number of genotyped animals. For few QTL, accuracy was greater for WssGBLUP than ssGBLUP; however, for many QTL, accuracy was the same for both methods. The largest genotyped set was used to assess the dimensionality of genomic information (number of effective SNP). The number of effective SNP was considerably less in weighted G than in unweighted G. Once the number of independent SNP is well represented in the genotyped population, the impact of SNP weighting becomes less important.
© 2017 Blackwell Verlag GmbH |
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Palabras claves : |
ACCURAY; BAYES B; SNP WEIGHTING; VARIABLE SELECTION; WEIGTED SSGBLUP. |
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Asunto categoría : |
-- |
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Marc : |
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500 $aArticle history: Received: 28 February 2017 / Accepted: 19 July 2017. This study was partially funded by the American Angus Association (St. Joseph, MO), Zoetis (Kalamazoo, MI) and by Agriculture and Food Research Initiative Competitive Grants no. 2015-67015-22936 from the US Department of Agriculture's National Institute of Food and Agriculture. We gratefully acknowledge the very helpful comments by the two anonymous reviewers, and we thank Andra H. Nelson for assisting with data analysis.
520 $aABSTRACT. We investigated the importance of SNP weighting in populations with 2,000 to 25,000 genotyped animals. Populations were simulated with two effective sizes (20 or 100) and three numbers of QTL (10, 50 or 500). Pedigree information was available for six generations; phenotypes were recorded for the four middle generations. Animals from the last three generations were genotyped for 45,000 SNP. Single-step genomic BLUP (ssGBLUP) and weighted ssGBLUP (WssGBLUP) were used to estimate genomic EBV using a genomic relationship matrix (G). The WssGBLUP performed better in small genotyped populations; however, any advantage for WssGBLUP was reduced or eliminated when more animals were genotyped. WssGBLUP had greater resolution for genome-wide association (GWA) as did increasing the number of genotyped animals. For few QTL, accuracy was greater for WssGBLUP than ssGBLUP; however, for many QTL, accuracy was the same for both methods. The largest genotyped set was used to assess the dimensionality of genomic information (number of effective SNP). The number of effective SNP was considerably less in weighted G than in unweighted G. Once the number of independent SNP is well represented in the genotyped population, the impact of SNP weighting becomes less important. © 2017 Blackwell Verlag GmbH
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Registro original : |
INIA Las Brujas (LB) |
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Biblioteca
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Clasificación
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Cutter
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Registro
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Volumen
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Estado
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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA La Estanzuela. |
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Fecha actual : |
21/02/2014 |
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Actualizado : |
30/10/2018 |
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Tipo de producción científica : |
Documentos |
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Autor : |
GARCIA, A. |
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Afiliación : |
ADRIANA GARCIA LAMOTHE, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay. |
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Título : |
Respuesta a nitrógeno de nuevos cultivares de trigo. |
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Fecha de publicación : |
2001 |
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Fuente / Imprenta : |
In: INIA La Estanzuela. Jornada Técnica Cultivos de Invierno. La Estanzuela, Colonia (UY): INIA, 2001. |
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Páginas : |
p. 15-26. |
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Serie : |
(INIA Serie Actividades de Difusión; 254). |
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Idioma : |
Español |
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Contenido : |
Introducción:
El nitrógeno (N) es comúnmente el nutriente más limitante del rendimiento y el de mayor impacto sobre la proteína del grano. El potencial de rendimiento en trigo está asociado a la capacidad de respuesta a N y a la eficiencia del cultivo para usarlo en producir grano.
El rendimiento depende de la cantidad de granos por m2 formados que resulta del producto de los siguientes componentes: espigas/m2, espiguillas /espiga y granos /espiguilla. El peso de los granos, a diferencia de los componentes anteriores, es poco afectado por el N y muy dependiente de las condiciones ambientales durante el llenado del grano y es, en última instancia, el que permite se concrete el rendimiento potencial.
La respuesta a N responde a diferentes procesos que afectan uno o más componentes del rendimiento. En términos generales todos los componentes pueden beneficiarse con el agregado de N. Una disponibilidad adecuada es esencial para fomentar la producción de macolles y aumentar la proporción de los que llegan a producir espiga, puede favorecer la formación de espiguillas por espiga y el número de granos por espiguilla. Pero como en general el aumento de uno tiende a provocar la caída de otro y viceversa un mismo rendimiento se puede alcanzar por diferentes caminos, resultando difícil establecer el valor óptimo de cada componente.Entre 1985 y 1993 se condujo en La Estanzuela una línea de investigación con el objetivo de identificar materiales aptos para sistemas de producción intensiva, dada su capacidad de respuesta a N y otros insumos. El cultivar más destacado entonces fue Estanzuela Cardenal, siendo muy significativa la interacción entre la incidencia de enfermedades y la respuesta a N. MenosIntroducción:
El nitrógeno (N) es comúnmente el nutriente más limitante del rendimiento y el de mayor impacto sobre la proteína del grano. El potencial de rendimiento en trigo está asociado a la capacidad de respuesta a N y a la eficiencia del cultivo para usarlo en producir grano.
El rendimiento depende de la cantidad de granos por m2 formados que resulta del producto de los siguientes componentes: espigas/m2, espiguillas /espiga y granos /espiguilla. El peso de los granos, a diferencia de los componentes anteriores, es poco afectado por el N y muy dependiente de las condiciones ambientales durante el llenado del grano y es, en última instancia, el que permite se concrete el rendimiento potencial.
La respuesta a N responde a diferentes procesos que afectan uno o más componentes del rendimiento. En términos generales todos los componentes pueden beneficiarse con el agregado de N. Una disponibilidad adecuada es esencial para fomentar la producción de macolles y aumentar la proporción de los que llegan a producir espiga, puede favorecer la formación de espiguillas por espiga y el número de granos por espiguilla. Pero como en general el aumento de uno tiende a provocar la caída de otro y viceversa un mismo rendimiento se puede alcanzar por diferentes caminos, resultando difícil establecer el valor óptimo de cada componente.Entre 1985 y 1993 se condujo en La Estanzuela una línea de investigación con el objetivo de identificar materiales aptos para sistemas de producción intens... Presentar Todo |
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Thesagro : |
FERTILIDAD DEL SUELO; TRIGO. |
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Asunto categoría : |
F04 Fertilización |
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URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/11747/1/sad-254-2001.p.15-26-Garcia.pdf
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Marc : |
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260 $c2001
300 $ap. 15-26.
490 $a(INIA Serie Actividades de Difusión; 254).
520 $aIntroducción: El nitrógeno (N) es comúnmente el nutriente más limitante del rendimiento y el de mayor impacto sobre la proteína del grano. El potencial de rendimiento en trigo está asociado a la capacidad de respuesta a N y a la eficiencia del cultivo para usarlo en producir grano. El rendimiento depende de la cantidad de granos por m2 formados que resulta del producto de los siguientes componentes: espigas/m2, espiguillas /espiga y granos /espiguilla. El peso de los granos, a diferencia de los componentes anteriores, es poco afectado por el N y muy dependiente de las condiciones ambientales durante el llenado del grano y es, en última instancia, el que permite se concrete el rendimiento potencial. La respuesta a N responde a diferentes procesos que afectan uno o más componentes del rendimiento. En términos generales todos los componentes pueden beneficiarse con el agregado de N. Una disponibilidad adecuada es esencial para fomentar la producción de macolles y aumentar la proporción de los que llegan a producir espiga, puede favorecer la formación de espiguillas por espiga y el número de granos por espiguilla. Pero como en general el aumento de uno tiende a provocar la caída de otro y viceversa un mismo rendimiento se puede alcanzar por diferentes caminos, resultando difícil establecer el valor óptimo de cada componente.Entre 1985 y 1993 se condujo en La Estanzuela una línea de investigación con el objetivo de identificar materiales aptos para sistemas de producción intensiva, dada su capacidad de respuesta a N y otros insumos. El cultivar más destacado entonces fue Estanzuela Cardenal, siendo muy significativa la interacción entre la incidencia de enfermedades y la respuesta a N.
650 $aFERTILIDAD DEL SUELO
650 $aTRIGO
773 $tIn: INIA La Estanzuela. Jornada Técnica Cultivos de Invierno. La Estanzuela, Colonia (UY): INIA, 2001.
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Registro original : |
INIA La Estanzuela (LE) |
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