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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
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Fecha : |
11/03/2021 |
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Actualizado : |
11/03/2021 |
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Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
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Autor : |
NARANCIO, R.; JOHN, U.; MASON, J.; SPANGENBERG, G. |
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Afiliación : |
RAFAEL NARANCIO FERES, Agriculture Victoria Research, AgriBio Centre for AgriBioscience, La Trobe University, Melbourne, Australia; School of Applied Systems Biology, La Trobe University, Melbourne, Australia; ULRIK JOHN, Agriculture Victoria Research, AgriBio Centre for AgriBioscience, La Trobe University, Melbourne, Australia; JOHN MASON, Agriculture Victoria Research, AgriBio Centre for AgriBioscience, La Trobe University, Melbourne, Australia; School of Applied Systems Biology, La Trobe University, Melbourne, Australia; GERMAN SPANGENBERG, Agriculture Victoria Research, AgriBio Centre for AgriBioscience, La Trobe University, Melbourne, Australia; School of Applied Systems Biology, La Trobe University, Melbourne, Australia. |
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Título : |
Selection of optimal reference genes for quantitative RT-PCR transcript abundance analysis in white clover (Trifolium repens L.). |
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Fecha de publicación : |
2018 |
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Fuente / Imprenta : |
Functional Plant Biology, 2018, Volume 45, Issue 7, Pages 737-744. Doi: https://doi.org/10.1071/FP17304 |
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ISSN : |
1445-4408 |
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DOI : |
10.1071/FP17304 |
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Idioma : |
Inglés |
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Notas : |
Article history: Received 1 November 2017; Accepted 21 January 2018; Published online 16 February 2018.
Corresponding author: John, U.; Agriculture Victoria Research, AgriBio Centre for AgriBioscience, La Trobe University, Melbourne, VIC, Australia; email:ulrik.john@ecodev.vic.gov.au |
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Contenido : |
ABSTRACT -
Quantitative reverse transcription PCR (qRT-PCR) is a widely used method for transcript abundance analyses in plants. Relative quantification by qRT-PCR requires the use of a stably expressed reference gene. There are many ?housekeeping? genes reported in different plant species that are used as reference genes. However, it is important that the steady-state mRNA levels of these housekeeping genes are confirmed across different conditions and tissues in each species studied. Prior to this study, no comprehensive work had been performed in identifying optimal reference genes in white clover (Trifolium repens L.). To identify suitable reference genes in white clover, we analysed the transcript abundance stability of seven candidate genes in two organs (leaves and stolons) across two treatments (water-limited and well-watered). DCt, NormFinder and ANOVA tests were carried out to evaluate the mRNA level stability of candidate reference genes. According to the DCt results, the genes with the most stable mRNA levels were EF1a and ACT11. When stability among groups was evaluated by NormFinder, UBQ was the most stable across all organs and treatments.
By multiple criteria, EF1a, followed by ACT11 and UBQ, was the most stably-expressed gene across organs and treatments, and each of these are recommended as reference genes for transcript abundance studies in white clover.
© Copyright 2018 Elsevier B.V., All rights reserved. |
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Palabras claves : |
ACt; Gene Selection; Housekeeping genes; MRNA level stability; NormFinder; Peptide Elongation Factor 1. |
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Asunto categoría : |
F01 Cultivo |
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Marc : |
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500 $aArticle history: Received 1 November 2017; Accepted 21 January 2018; Published online 16 February 2018. Corresponding author: John, U.; Agriculture Victoria Research, AgriBio Centre for AgriBioscience, La Trobe University, Melbourne, VIC, Australia; email:ulrik.john@ecodev.vic.gov.au
520 $aABSTRACT - Quantitative reverse transcription PCR (qRT-PCR) is a widely used method for transcript abundance analyses in plants. Relative quantification by qRT-PCR requires the use of a stably expressed reference gene. There are many ?housekeeping? genes reported in different plant species that are used as reference genes. However, it is important that the steady-state mRNA levels of these housekeeping genes are confirmed across different conditions and tissues in each species studied. Prior to this study, no comprehensive work had been performed in identifying optimal reference genes in white clover (Trifolium repens L.). To identify suitable reference genes in white clover, we analysed the transcript abundance stability of seven candidate genes in two organs (leaves and stolons) across two treatments (water-limited and well-watered). DCt, NormFinder and ANOVA tests were carried out to evaluate the mRNA level stability of candidate reference genes. According to the DCt results, the genes with the most stable mRNA levels were EF1a and ACT11. When stability among groups was evaluated by NormFinder, UBQ was the most stable across all organs and treatments. By multiple criteria, EF1a, followed by ACT11 and UBQ, was the most stably-expressed gene across organs and treatments, and each of these are recommended as reference genes for transcript abundance studies in white clover. © Copyright 2018 Elsevier B.V., All rights reserved.
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Registro original : |
INIA Las Brujas (LB) |
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Clasificación
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Cutter
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Registro
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Volumen
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Estado
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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Tacuarembó. |
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Fecha actual : |
26/02/2015 |
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Actualizado : |
21/02/2018 |
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Tipo de producción científica : |
Capítulo en Libro Técnico-Científico |
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Autor : |
DE BARBIERI, I.; MONTOSSI, F.; BURJEL, A.; LUZARDO, S.; SOARES DE LIMA, J.M.; MARTINEZ, H.; FRUGONI, J.C.; SILVEIRA, C.; LEVRATTO, J.; PLATERO, P.; BOTTERO, D.; ROVIRA, F.; BENTANCURT, M.; CUADRO, P. |
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Afiliación : |
LUIS IGNACIO DE BARBIERI ETCHEBERRY, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; FABIO MARCELO MONTOSSI PORCHILE, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; A. BURJEL, Empresa de Esquila La Turca; SANTIAGO FELIPE LUZARDO VILLAR, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; JUAN MANUEL SOARES DE LIMA LAPETINA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; H. MARTINEZ; JULIO CESAR FRUGONI SILVEIRA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; CAROLINA INES SILVEIRA ROJAS, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; JUAN CARLOS LEVRATTO CORTES, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; PABLO NICOLAS PLATERO CLAVIER, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; SERGIO DANIEL BOTTERO REGGI, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; FERNANDO ROVIRA GALARRAGA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; MAURO ANDRES BENTANCURT PONTTI, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay. |
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Título : |
Acondicionamiento diferencial de la esquila: una herramienta en evaluación para potenciar el proceso de diferenciación y agregado de valor en lanas superfinas y extrafinas. |
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Fecha de publicación : |
2007 |
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Fuente / Imprenta : |
ln: MONTOSSI, F.; DE BARBIERI, I. (Eds). Proyecto Merino Fino del Uruguay: una visión con perspectiva histórica. Montevideo (Uruguay): INIA, 2007. |
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Páginas : |
p. 227-235 |
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Serie : |
(INIA Boletín de Divulgación ; 90) |
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Idioma : |
Español |
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Contenido : |
En los últimos años en Uruguay, la variedad fina a extrafina de la raza Merino Australiano, ha tenido un desarrollo importante. Éste se observa en diferentes componentes de la cadena agroindustrial textil vinculada a la raza, donde se destaca: ? A nivel productivo, por un mayor número (identificados hoy en día) y calidad de los animales
que producen este tipo de fibra (en la cabaña como en majadas generales), ? A nivel de la industria nacional, con señales claras de abastecerse de fibras de estas
características, ? a nivel científico, con proyectos de investigación y desarrollo vinculados a este producto, y ? A nivel de la integración de la cadena, con un producto que se comercializa con una descripción objetiva de acuerdo a sus características cualitativas (diámetro, color, resistencia, rendimiento, etc.) y se paga de acuerdo a las especificaciones dadas para las mismas. Esta producción se desarrolla fundamentalmente sobre praderas naturales en suelos superficiales de Basalto, áreas marginales para otro tipo de producciones, por lo que otras posibilidades de diversificación son acotadas. La entrega a la industria textil-lanera de un producto diferenciado y de alto valor agregado por el uso de un acondicionamiento diferencial, siendo éste una tecnología de bajo costo, se presenta como una herramienta atractiva desde el punto de vista económico para los diferentes actores de la cadena agroindustrial textil lanera. Para el desarrollo de la alternativa descripta es necesario conocer la producción
y calidad de lanas superfinas y extrafinas de las diferentes regiones de los animales, para de esa manera, poder separar las diferentes calidades de lanas que permitan el mayor retorno al productor durante el proceso de comercialización. En este contexto, se desarrollaron dos estudios experimentales, que se detallan (Evaluación 1 y 2). MenosEn los últimos años en Uruguay, la variedad fina a extrafina de la raza Merino Australiano, ha tenido un desarrollo importante. Éste se observa en diferentes componentes de la cadena agroindustrial textil vinculada a la raza, donde se destaca: ? A nivel productivo, por un mayor número (identificados hoy en día) y calidad de los animales
que producen este tipo de fibra (en la cabaña como en majadas generales), ? A nivel de la industria nacional, con señales claras de abastecerse de fibras de estas
características, ? a nivel científico, con proyectos de investigación y desarrollo vinculados a este producto, y ? A nivel de la integración de la cadena, con un producto que se comercializa con una descripción objetiva de acuerdo a sus características cualitativas (diámetro, color, resistencia, rendimiento, etc.) y se paga de acuerdo a las especificaciones dadas para las mismas. Esta producción se desarrolla fundamentalmente sobre praderas naturales en suelos superficiales de Basalto, áreas marginales para otro tipo de producciones, por lo que otras posibilidades de diversificación son acotadas. La entrega a la industria textil-lanera de un producto diferenciado y de alto valor agregado por el uso de un acondicionamiento diferencial, siendo éste una tecnología de bajo costo, se presenta como una herramienta atractiva desde el punto de vista económico para los diferentes actores de la cadena agroindustrial textil lanera. Para el desarrollo de la alternativa descripta es necesario co... Presentar Todo |
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Thesagro : |
LANAS; MERINO AUSTRALIANO; OVINOS. |
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Asunto categoría : |
L01 Ganadería |
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Marc : |
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520 $aEn los últimos años en Uruguay, la variedad fina a extrafina de la raza Merino Australiano, ha tenido un desarrollo importante. Éste se observa en diferentes componentes de la cadena agroindustrial textil vinculada a la raza, donde se destaca: ? A nivel productivo, por un mayor número (identificados hoy en día) y calidad de los animales que producen este tipo de fibra (en la cabaña como en majadas generales), ? A nivel de la industria nacional, con señales claras de abastecerse de fibras de estas características, ? a nivel científico, con proyectos de investigación y desarrollo vinculados a este producto, y ? A nivel de la integración de la cadena, con un producto que se comercializa con una descripción objetiva de acuerdo a sus características cualitativas (diámetro, color, resistencia, rendimiento, etc.) y se paga de acuerdo a las especificaciones dadas para las mismas. Esta producción se desarrolla fundamentalmente sobre praderas naturales en suelos superficiales de Basalto, áreas marginales para otro tipo de producciones, por lo que otras posibilidades de diversificación son acotadas. La entrega a la industria textil-lanera de un producto diferenciado y de alto valor agregado por el uso de un acondicionamiento diferencial, siendo éste una tecnología de bajo costo, se presenta como una herramienta atractiva desde el punto de vista económico para los diferentes actores de la cadena agroindustrial textil lanera. Para el desarrollo de la alternativa descripta es necesario conocer la producción y calidad de lanas superfinas y extrafinas de las diferentes regiones de los animales, para de esa manera, poder separar las diferentes calidades de lanas que permitan el mayor retorno al productor durante el proceso de comercialización. En este contexto, se desarrollaron dos estudios experimentales, que se detallan (Evaluación 1 y 2).
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Esconder MarcPresentar Marc Completo |
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