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 | Acceso al texto completo restringido a Biblioteca INIA Las Brujas. Por información adicional contacte bibliolb@inia.org.uy. |
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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
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Fecha : |
18/12/2017 |
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Actualizado : |
15/10/2019 |
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Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
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Autor : |
LOURENCO, D.A.L.; FRAGOMENI, B.O.; BRADFORD, H.L.; MENEZES I.R.; FERRAZ, J.B.S.; AGUILAR, I.; MISZTAL, I. |
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Afiliación : |
D.A.L. LOURENCO, Universidad de Georgia (UG); B.O. FRAGOMENI, Universidad de Georgia (UG); H.L. BRADFORD, Universidad de Georgia (UG); I.R. MENEZES, FZEA, University of Sao Paulo.; J.B.S. FERRAZ, FZEA, University of Sao Paulo.; IGNACIO AGUILAR GARCIA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; I. MISZTAL, Universidad de Georgia (UG). |
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Título : |
Implications of SNP weighting on single-step genomic predictions for different reference population sizes. |
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Fecha de publicación : |
2017 |
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Fuente / Imprenta : |
Journal of Animal Breeding and Genetics, 2017, v. 134 (6), p. 463-471. |
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DOI : |
10.1111/jbg.12288 |
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Idioma : |
Inglés |
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Notas : |
Article history: Received: 28 February 2017 / Accepted: 19 July 2017.
This study was partially funded by the American Angus Association (St. Joseph, MO), Zoetis (Kalamazoo, MI) and by Agriculture and Food Research Initiative Competitive Grants no. 2015-67015-22936 from the US Department of Agriculture's National Institute of Food and Agriculture. We gratefully acknowledge the very helpful comments by the two anonymous reviewers, and we thank Andra H. Nelson for assisting with data analysis. |
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Contenido : |
ABSTRACT.
We investigated the importance of SNP weighting in populations with 2,000 to 25,000 genotyped animals. Populations were simulated with two effective sizes (20 or 100) and three numbers of QTL (10, 50 or 500). Pedigree information was available for six generations; phenotypes were recorded for the four middle generations. Animals from the last three generations were genotyped for 45,000 SNP. Single-step genomic BLUP (ssGBLUP) and weighted ssGBLUP (WssGBLUP) were used to estimate genomic EBV using a genomic relationship matrix (G). The WssGBLUP performed better in small genotyped populations; however, any advantage for WssGBLUP was reduced or eliminated when more animals were genotyped. WssGBLUP had greater resolution for genome-wide association (GWA) as did increasing the number of genotyped animals. For few QTL, accuracy was greater for WssGBLUP than ssGBLUP; however, for many QTL, accuracy was the same for both methods. The largest genotyped set was used to assess the dimensionality of genomic information (number of effective SNP). The number of effective SNP was considerably less in weighted G than in unweighted G. Once the number of independent SNP is well represented in the genotyped population, the impact of SNP weighting becomes less important.
© 2017 Blackwell Verlag GmbH |
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Palabras claves : |
ACCURAY; BAYES B; SNP WEIGHTING; VARIABLE SELECTION; WEIGTED SSGBLUP. |
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Asunto categoría : |
-- |
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Marc : |
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500 $aArticle history: Received: 28 February 2017 / Accepted: 19 July 2017. This study was partially funded by the American Angus Association (St. Joseph, MO), Zoetis (Kalamazoo, MI) and by Agriculture and Food Research Initiative Competitive Grants no. 2015-67015-22936 from the US Department of Agriculture's National Institute of Food and Agriculture. We gratefully acknowledge the very helpful comments by the two anonymous reviewers, and we thank Andra H. Nelson for assisting with data analysis.
520 $aABSTRACT. We investigated the importance of SNP weighting in populations with 2,000 to 25,000 genotyped animals. Populations were simulated with two effective sizes (20 or 100) and three numbers of QTL (10, 50 or 500). Pedigree information was available for six generations; phenotypes were recorded for the four middle generations. Animals from the last three generations were genotyped for 45,000 SNP. Single-step genomic BLUP (ssGBLUP) and weighted ssGBLUP (WssGBLUP) were used to estimate genomic EBV using a genomic relationship matrix (G). The WssGBLUP performed better in small genotyped populations; however, any advantage for WssGBLUP was reduced or eliminated when more animals were genotyped. WssGBLUP had greater resolution for genome-wide association (GWA) as did increasing the number of genotyped animals. For few QTL, accuracy was greater for WssGBLUP than ssGBLUP; however, for many QTL, accuracy was the same for both methods. The largest genotyped set was used to assess the dimensionality of genomic information (number of effective SNP). The number of effective SNP was considerably less in weighted G than in unweighted G. Once the number of independent SNP is well represented in the genotyped population, the impact of SNP weighting becomes less important. © 2017 Blackwell Verlag GmbH
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Registro original : |
INIA Las Brujas (LB) |
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Biblioteca
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Identificación
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Origen
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Tipo / Formato
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Clasificación
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Cutter
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Registro
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Volumen
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Estado
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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
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Fecha actual : |
02/04/2020 |
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Actualizado : |
13/07/2021 |
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Tipo de producción científica : |
Actividades de Difusión |
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Autor : |
INIA (INSTITUTO NACIONAL DE INVESTIGACIÓN AGROPECUARIA); PROGRAMA NACIONAL PRODUCCIÓN FRUTÍCOLA |
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Afiliación : |
PROGRAMA NACIONAL DE INVESTIGACIÓN PRODUCCIÓN FRUTÍCOLA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay. |
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Título : |
Encuentro Nacional sobre Frutos Nativos, 9°. Fiesta Nacional del Guayabo del País, 1. |
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Complemento del título : |
Centro de Recreación de Paso Severino, Florida; 28-29 de marzo de 2019. |
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Fecha de publicación : |
2019 |
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Fuente / Imprenta : |
Canelones (Uruguay): INIA, 2019. [incluye presentaciones y video] |
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Páginas : |
24 p. |
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Serie : |
(Serie Actividades de Difusión; 789). |
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ISSN : |
1688-9258 |
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Idioma : |
Español |
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Notas : |
A través del sitio web de INIA puede acceder a las presentaciones de la actividad realizada. Organizan: INIA, Facultad de Agronomía-UdelaR, MGAP-DGF (Dirección General Forestal). Apoyan: Centro de Recreación Paso Severino, Florida Departamento Abierto, CEUTA, Hierbas y Nativos del Severino, CURE (Centro Universitario Regional del Este), Slow Food Uruguay. Acceda desde aquí: http://www.inia.uy/estaciones-experimentales/direcciones-regionales/inia-las-brujas/9%C2%BA-Encuentro-Nacional-sobre-Frutos-Nativos |
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Contenido : |
ÍNDICE.
P. 3- Avances en los estudios de frutas nativas. Vignale Beatriz, Cabrera Danilo, Machado Gonzalo, Rodriguez Pablo.
P. 7- Una propuesta de marcadores moleculares para la identificación varietal en Guayabo del País. Isabel Ferreira, Evelyn Nuñez, Marianella Quezada, Danilo Cabrera, Beatriz Vignale, Clara Pritsch.
P. 8- Caracterización fenotípica de dos poblaciones de mejoramiento de Guayabo del país (Acca sellowiana, Berg. Burret). Gustavo Rostagnol, Santiago Aguerre, Máximo
Álvarez, Gonzalo Machado, Danilo Cabrera, Beatriz Vignale, Clara Pritsch, Marianella Quezada.
P. 9- El arazá en Uruguay: de los bosques nativos al cultivo (CSIC I+D, 2018). G. Speroni, M. Bonifacino, C. Pritsch, M. Vaio, M. Souza-Pérez, C. Trujillo, J. I. Hormaza, J. Lora, B. Vignale, D. Cabrera, F. Ibáñez, G. Machado, A. Borges, C. Toranza.
P. 17- Pruebas de progenies en arazás rojos y amarillos: hijos míos o tuyos, pero ¿nuestros? Martin Silva, Claudia Da Luz, Magdalena Vaio, Evelyn Nuñez, Beatriz
Vignale, Gabriela Speroni, Clara Pritsch.
P. 18 - Aportes para el manejo integrado de moscas de la fruta (Diptera: Tephritidae). María Victoria Calvo, Soleda Delgado, Felicia Duarte, Nicolás Yakimik, Andrés González, Iris Beatriz Scatoni.
P.19 - Apoximis y sexualidad en Psidium Cattleyanum Sabine (Myrtacea): determinación por citometría de flujo en semillas. Claudia Da Luz, Magdalena Vaio,
Joerg Fuchs, Gabriela Speroni.
P. 20 - ¿Es necesaria la fecundación en la especie Apomíctica Psidium Cattleyanum Sabine? Gabriela Speroni, Mercedes Souza-Pérez, Cristina Trujillo, Claudia Da Luz.
P. 21 - Avances en el estudio del aceite esencial de Pitanga como potencial agente antitumoral. P. Lombardo, G. Ferragut, E. Dellacassa, M.A Severi, A. G. Sánchez, B.
Vignale, J. Cedano, L.H. Benitez, P. Radcenco, M. Do Carmo, D.J Keszenman. MenosÍNDICE.
P. 3- Avances en los estudios de frutas nativas. Vignale Beatriz, Cabrera Danilo, Machado Gonzalo, Rodriguez Pablo.
P. 7- Una propuesta de marcadores moleculares para la identificación varietal en Guayabo del País. Isabel Ferreira, Evelyn Nuñez, Marianella Quezada, Danilo Cabrera, Beatriz Vignale, Clara Pritsch.
P. 8- Caracterización fenotípica de dos poblaciones de mejoramiento de Guayabo del país (Acca sellowiana, Berg. Burret). Gustavo Rostagnol, Santiago Aguerre, Máximo
Álvarez, Gonzalo Machado, Danilo Cabrera, Beatriz Vignale, Clara Pritsch, Marianella Quezada.
P. 9- El arazá en Uruguay: de los bosques nativos al cultivo (CSIC I+D, 2018). G. Speroni, M. Bonifacino, C. Pritsch, M. Vaio, M. Souza-Pérez, C. Trujillo, J. I. Hormaza, J. Lora, B. Vignale, D. Cabrera, F. Ibáñez, G. Machado, A. Borges, C. Toranza.
P. 17- Pruebas de progenies en arazás rojos y amarillos: hijos míos o tuyos, pero ¿nuestros? Martin Silva, Claudia Da Luz, Magdalena Vaio, Evelyn Nuñez, Beatriz
Vignale, Gabriela Speroni, Clara Pritsch.
P. 18 - Aportes para el manejo integrado de moscas de la fruta (Diptera: Tephritidae). María Victoria Calvo, Soleda Delgado, Felicia Duarte, Nicolás Yakimik, Andrés González, Iris Beatriz Scatoni.
P.19 - Apoximis y sexualidad en Psidium Cattleyanum Sabine (Myrtacea): determinación por citometría de flujo en semillas. Claudia Da Luz, Magdalena Vaio,
Joerg Fuchs, Gabriela Speroni.
P. 20 - ¿Es necesaria la fecundación en la especie Apomíctica Psidium Cattleyanum ... Presentar Todo |
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Thesagro : |
ACCA SELLOWIANA; FRUTOS NATIVOS; GUAYABO DEL PAÍS. |
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Asunto categoría : |
F01 Cultivo |
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URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/14353/1/SAD-789-Frutos-nativos-2019.pdf
http://www.inia.uy/estaciones-experimentales/direcciones-regionales/inia-las-brujas/9%C2%BA-Encuentro-Nacional-sobre-Frutos-Nativos
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Marc : |
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300 $a24 p.
490 $a(Serie Actividades de Difusión; 789).
500 $aA través del sitio web de INIA puede acceder a las presentaciones de la actividad realizada. Organizan: INIA, Facultad de Agronomía-UdelaR, MGAP-DGF (Dirección General Forestal). Apoyan: Centro de Recreación Paso Severino, Florida Departamento Abierto, CEUTA, Hierbas y Nativos del Severino, CURE (Centro Universitario Regional del Este), Slow Food Uruguay. Acceda desde aquí: http://www.inia.uy/estaciones-experimentales/direcciones-regionales/inia-las-brujas/9%C2%BA-Encuentro-Nacional-sobre-Frutos-Nativos
520 $aÍNDICE. P. 3- Avances en los estudios de frutas nativas. Vignale Beatriz, Cabrera Danilo, Machado Gonzalo, Rodriguez Pablo. P. 7- Una propuesta de marcadores moleculares para la identificación varietal en Guayabo del País. Isabel Ferreira, Evelyn Nuñez, Marianella Quezada, Danilo Cabrera, Beatriz Vignale, Clara Pritsch. P. 8- Caracterización fenotípica de dos poblaciones de mejoramiento de Guayabo del país (Acca sellowiana, Berg. Burret). Gustavo Rostagnol, Santiago Aguerre, Máximo Álvarez, Gonzalo Machado, Danilo Cabrera, Beatriz Vignale, Clara Pritsch, Marianella Quezada. P. 9- El arazá en Uruguay: de los bosques nativos al cultivo (CSIC I+D, 2018). G. Speroni, M. Bonifacino, C. Pritsch, M. Vaio, M. Souza-Pérez, C. Trujillo, J. I. Hormaza, J. Lora, B. Vignale, D. Cabrera, F. Ibáñez, G. Machado, A. Borges, C. Toranza. P. 17- Pruebas de progenies en arazás rojos y amarillos: hijos míos o tuyos, pero ¿nuestros? Martin Silva, Claudia Da Luz, Magdalena Vaio, Evelyn Nuñez, Beatriz Vignale, Gabriela Speroni, Clara Pritsch. P. 18 - Aportes para el manejo integrado de moscas de la fruta (Diptera: Tephritidae). María Victoria Calvo, Soleda Delgado, Felicia Duarte, Nicolás Yakimik, Andrés González, Iris Beatriz Scatoni. P.19 - Apoximis y sexualidad en Psidium Cattleyanum Sabine (Myrtacea): determinación por citometría de flujo en semillas. Claudia Da Luz, Magdalena Vaio, Joerg Fuchs, Gabriela Speroni. P. 20 - ¿Es necesaria la fecundación en la especie Apomíctica Psidium Cattleyanum Sabine? Gabriela Speroni, Mercedes Souza-Pérez, Cristina Trujillo, Claudia Da Luz. P. 21 - Avances en el estudio del aceite esencial de Pitanga como potencial agente antitumoral. P. Lombardo, G. Ferragut, E. Dellacassa, M.A Severi, A. G. Sánchez, B. Vignale, J. Cedano, L.H. Benitez, P. Radcenco, M. Do Carmo, D.J Keszenman.
650 $aACCA SELLOWIANA
650 $aFRUTOS NATIVOS
650 $aGUAYABO DEL PAÍS
700 1 $aPROGRAMA NACIONAL PRODUCCIÓN FRUTÍCOLA
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